Продолжение приключений профессионального убийцы, потерявшего память. Со времен событий, описанных в первой части трилогии, прошло три года. Борн со своей подругой Марией живут на далеком Гоа и стараются забыть о прошлом, но Борна преследуют воспоминания об убийстве в Берлине. Тем временем о Борне не забывает ЦРУ и старые враги. Памэла Лэнди занята поисками «файлов Невского», которые должны раскрыть тайну похищения из ЦРУ двадцати миллионов долларов. Но операция проваливается: киллер Кирилл убивает агента и похищает документы и три миллиона долларов. Свою добычу он планирует передать русскому олигарху Юрию Греткову, на которого работает. При этом на месте преступления он оставляет отпечатки пальцев Борна. Киллер отправляется на Гоа, чтобы убить Борна и окончательно замести следы. Но Борну удается вычислить чужака, и от выстрела снайперской винтовки погибает Мария. Кирилл уверен, что завершил дело. Борн же думает, что его вновь преследует ЦРУ. Чтобы выяснить причину этого интереса, он отправляется в Неаполь.
