Шестой сезон супергеройского сериала "Агенты «Щ.И.Т.»" повествует о деятельности отряда защитников Земли после гибели директора спецслужбы Фила Колсона. С тех событий прошел год, и ныне организацию возглавляет Альфонсо «Мак» Маккензи. Под его руководством агенты исследуют серию энергетических аномалий, образованных враждебными незнакомцами, выходящими из порталов, один из которых попадает в ловушку внутри стены и частично превращается в бетон. В результате последнего перемещения агент Мэй видит перед собой человека, выглядящего точно также, как погибший Фил Колсон. Мэй не подозревает, что в обличии бывшего директора «Щ.И.Т.а» находится лидер наемников Серж, прибывший, чтобы уничтожить Сорокопутов, расу паразитов, которые заражают людей на планете, прежде чем уничтожить ее. В это время, далеко в космосе агенты Дейзи Джонсон, Джемма Симмонс, Пайпер и Дэвис разыскивают Лео Фитца, пробудившегося в результате разрушения криогенной капсулы инопланетным кораблём. Серж и его люди начинают собирать припасы для своей миссии, скрываясь с помощью технологии маскировки.
