film voqealari darhol «Qayta yuklanish» voqealaridan keyin rivojlanadi. Mashinalarning ulkan qo‘shinlari allaqachon Zion tomon yo‘lni teshib bormoqda. Ayni paytda «virus»ga aylangan agent Smit qo‘rqinchli tezlik bilan Matritsa bo‘ylab tarqalmoqda. Dastur nazoratdan chiqdi va nafaqat odamlarni, balki mashinalarning o‘zini ham yo‘q qilish bilan tahdid qilmoqda. Shunda Neo umidsiz bir qadam tashlashga qaror qiladi: Trinity bilan birga u Niobaning kemasini olib, kelishuv taklif qilish uchun Mashinalar Shahrining qoq yuragiga yo‘l oladi.