22 век. Молодой хулиган Ямато втягивается в уличную драку, и его боевые способности привлекают внимание таинственной организации. Там ему рассказывают, что три года назад, в 2118-м, Земля была уничтожена инопланетянами. Выжил только один 1% человечества. Людям стёрли память и поместили их в убежище под видом обычного города. С тех пор большинство горожан ведут спокойный образ жизни, ничего не подозревая, но война с пришельцами продолжается. Ямато не горит желанием рисковать собой и присоединяться к армии. Тогда ему открывают правду о его прошлом: во время инопланетной атаки Ямато потерял свою семью. В поисках мести он соглашается стать одним из пилотов самого продвинутого боевого робота под названием Мегатон Мусаси. Очень быстро вчерашний хулиган превращается в элитного солдата.
