Фрэнк Деторри работает в местном зоопарке, ухаживая за животными. В рабочем перерыве он разговаривает с дочерью Шейн около клетки с обезьяной. Фрэнк собирается съесть яйцо с майонезом, но из-за шимпанзе оно падает в грязь. Фрэнк, быстро подняв свою еду и не боясь подцепить бактерии, съедает грязное яйцо.
В теле Фрэнка, где его организм представляет собой полноценный живой город с микроорганизмами, местный коп-лейкоцит Осмосис Джонс вместе со своим напарником на вертолёте патрулирует ротовую полость. Они замечают вредоносные бактерии и пытаются их арестовать. Завязывается погоня, в результате которой Джонс, нарушив приказ, упускает преступников и случайно выстреливает в нервные рецепторы, чем вызывает сильный спазм в ноге Фрэнка.
В это время, пока слюнные клетки очищают рот от остатков грязного яйца, в организме Фрэнка появляется вирус Трэкс, убивающий рабочих. Вирус отправляется в левую подмышку, где планирует убедить микробов примкнуть к нему, чтобы запустить смертельную инфекцию под видом обычной простуды.
Тем временем мэр города «Фрэнк» Флемминг, отбившись от журналистов и своей помощницы Леи, просматривает предвыборный ролик своего конкурента за пост главы города. От просмотра его отрывает Фрэнк, подавившийся куриной ножкой. Чтобы не дать его дочери вызвать врача мэр через сознание Деторри обещает принять таблетку против болезни, что позже Фрэнк и делает.
Осмосиса вызывает к себе шеф полиции. Он отчитывает главного героя за самодеятельность и назначает ему напарника, с которым Джонс должен встретиться в желудке. Его напарником оказывается принятая Фрэнком пилюля от простуды по имени Дрикс. Вместе пара отправляется в горло, где осматривает место воспаления. Пока Дрикс охлаждает раздражённый участок, Осмосис находит свидетеля раннего убийства рабочих. Микроб успевает сказать Джонсу фразу «La Muerto Rojo», после чего Дрикс случайно замораживает очевидца. Позже, позвонив в архив, Осмосис узнаёт, что слова микроба переводятся как «красная смерть».
Трэкс вместе с новыми подельниками добирается до носа, где, убив охрану, вызывает прорыв шлюзов, чтобы вызвать симптомы простуды. На место прибывают Осмосис и Дрикс, начиная преследование за преступниками. Но план Трэкса осуществляется и плотину прорывает, смывая полицейских. Мэр Флемминг в речи по телевидению пытается успокоить жителей города, уверяя, что им не стоит бояться обычной простуды. Он хочет убедить Фрэнка отправиться на фестиваль куриных крылышек в Буффало, чем вызывает радость всех слушателей. В кабинет мэра приходят Осмосис и Дрикс. Джонс пытается убедить Флемминга в серьёзности расследуемого дела. В итоге разговора напарники ссорятся, но остаются работать в паре, поскольку оба хотят добраться до истинной сути дела. Между делом Осмосис рассказывает пилюле о своём прошлом, когда он заставил Фрэнка стошнить на учительницу Шейн миссис Бойд, за что лейкоцита и сослали в ротовую полость. Сам же Фрэнк предлагает своей дочери отправиться с ним в Буффало на фестиваль крылышек, но расстроенная отношением отца девочка отказывается.
Джонс и Дрикс допрашивают один из вирусов в организме Деторри, от которого узнают, что новоиспечённого смертельного раздражителя зовут Трэкс. Персонажи отправляются в клуб "прыщ" на голове Фрэнка, где Трэкс проводит собрание. Сменив облик, Осмосис проникает в заведение и узнаёт истинный план вируса: Трэкс планирует убить Фрэнка за 48 часов, чтобы побить свой рекорд и стать самым опасным вирусом для жертв. Джонс случайно выдаёт себя, в результате чего в клубе начинается потасовка. Осмосис бросает гранату, которая, взорвавшись, разрывает прыщ на лбу Фрэнка. Сам же Деторри в это время беседует с миссис Бойд, умоляя её разрешить ему пойти в поход со своей дочерью. Но гной из взорвавшегося прыща попадает на губу учительницы, из-за чего разъярённая женщина посылает мужчину прочь. Из-за случившегося мэр увольняет Осмосиса и Дрикса, заставляя их покинуть тело Фрэнка. После очередной беседы про гигиену Деторри вновь разочаровывает свою дочь.
Трэкс принимается за заключительную часть своего плана, отправляясь в гипоталамус мозга Фрэнка, чтобы отключить способность его организма к саморегулированию. Прибыв к месту, он убивает учёных и вытаскивает молекулу ДНК, из-за чего повышается температура Деторри. Мэр вновь не реагирует на опасность, поэтому Лея решает сама выяснить в чём дело, объявляя тревогу. Осмосис, узнав о случившемся, находит Дрикса, убеждая его помочь остановить Трэкса. Вирус ловит Лею, а состояние Фрэнка всё ухудшается.
Пока герои преследуют Трэкса, Деторри увозят в больницу. Шейн замечает отца в скорой и, выбравшись из экскурсионного автобуса, с дядей Бобом едет за отцом в госпиталь. Полицейские настигают Трэкса в язычке. Им удаётся спасти Лею, но вирус сбегает из организма. Осмосис просит Дрикса выстрелить им из своей пушки, чтобы добраться до Трэкса. В полёте Джонс хватает злодея и вместе они приземляются в глаз Шейн. Начинается схватка. Осмосису удаётся перехитрить противника, который, зацепившись за искусственную ресницу девочки, в результате падает в спирт, уничтожающий его.
Фрэнк находится на грани жизни и смерти, поэтому врачи уводят Шейн из палаты. Осмосис теряет шансы вернуться, а температура тела мужчины готовится уничтожить всех обитателей внутри. Фрэнк умирает. Вырвавшись из рук докторов, его дочь подбегает к отцу, извиняясь за всё. Девочка начинает плакать. Воспользовавшись моментом, Джонс с помощью падающей слезы Шейн возвращается обратно в тело Деторри. Осмосис отдаёт спасённую украденную ранее Трэксом ДНК, которую тут же несут в гипоталамус, благодаря чему состояние Фрэнка стабилизируется, и он оживает.
Мэр Флемминг проигрывает выборы. Осмосиса считают героем и возвращают ему место в отделе, а Дрикса назначают постоянным напарником Джонса. Шейн с взявшимся за своё здоровье Фрэнком идут в поход.
Отзывы