Сюжет развивается в двух параллельных плоскостях, разделенных промежутком в 16 лет.
1986 год, подросток по прозвищу Милк живет в неблагополучном квартале Квинсборо. Однажды он, обороняясь, убивает наркомана, а его друзья, Винни и Вики, помогают выбросить труп и обещают молчать, но у убийства есть еще один свидетель, который начинает вымогать у Милка деньги.
Детектив Стенфорд, расследующий смерть наркомана, дает понять, что знает о причастности Милка, но в память о его погибшем отце-полицейском замнет это дело.
Милк с другом Винни решаются на кражу, чтобы раздобыть денег для шантажиста. Пока Милк со своей собакой сторожит у двери, на площадке появляется шантажист, собака его кусает, он убивает ее в ответ. Шокированный Милк толкает шантажиста с лестницы и тот погибает.
Детектив Стенфорд снова приходит к Милку, говорит, что прикроет и это дело, хотя Милк ни в чем не признается.
Милк навещает Винни в психиатрической клинике, куда его отправила мать и Винни говорит, что хранит их тайну.
2002 год начальник полицейского участка отправляет копов в редакцию газеты разобраться с анонимками об убийствах 1986 года, которые замяли, чтобы прикрыть кого-то из своих. Редактор обвиняет полицию в круговой поруке и говорит, что обязательно опубликует имя копа, прикрывающего убийцу. Один из копов, Джонатан Уайт, и есть тот самый Милк. Всю жизнь его мучают воспоминания из детства. Он разыскивает Винни, но того обижает вопрос Джонатана и он уходит, не ответив.
Уром в газетах пишут об убийстве редактора неизвестным в маске. Начальник велит Джонатану приехать в Квинсоборо, где копы обставили все так, будто это Винни ее убил. Копы собираются убить Винни, чтобы обрубить концы, Джонатан пытается вмешаться, но не успевает. Умирая, Винни говорит, что это не он.
Вики пишет Джонатану письмо с признанием, что это она отправляла анонимки, но не хотела навредить ему, а хотела вывести копов, возомнивших себя всесильными, на чистую воду.
В новостях передают, что начальник полиции застрелен каким-то психопатом.
Отзывы