Несмотря на творческую профессию своих родителей, он долгое время мечтал стать океанологом, правда, ближе к моменту окончания школы всё же решил попробовать поступить в театральный ВУЗ. Сергей совершенно не ожидал, что в прославленное Театральное училище имени Щукина его примут с первой попытки, но в конечном итоге он смог освоиться в новой для себя среде и в 1986 году окончил училище с красным дипломом.
Начинающего актёра сразу же приняли в труппу театра «Ленком». Поначалу он играл в спектаклях «Юнона и Авось», «Жестокие игры», «Звезда и смерть Хоакина Мурьеты», нередко участвовал в массовке, но в начале девяностых количество предложений резко сократилось. В этот период Чонишвили время от времени играл на сценах антрепризы Андрея Житинкина, Театра-студии Олега Табакова.
Поначалу и отношения с кинематографом у актёра не складывались, в восьмидесятые он успел сняться только в двух эпизодах, которые не принесли ему ни удовлетворения, ни известности. В девяностые ситуация несколько изменилась – на него обратили своё внимание начинающие режиссёры, в тот период он сыграл Табакина в картине «Дезертир», Юрку – в фильме «Катька и Шиз», Мишу – в «Психе и мелочёвке» и других.
В новом веке Сергей Чонишвили стал по-настоящему известным и востребованным. Во многом это произошло благодаря роли князя Владимира Шадурского в многосерийном фильме «Петербургские тайны», который снимали в течение полутора лет. Актёру удалось создать очень сложный многогранный образ, который, несмотря на большое количество серий, не примелькался и не надоел зрителю.
На данный момент в послужном списке Сергея Ножериевича около шестидесяти картин, но не все знают, что, помимо съёмок, он занимается и озвучиванием. В этом деле он оказался весьма востребованным, несмотря на то, что поначалу артисту долгое время приходилось избавляться от своего сибирского говора.
