На глубине величественного океана живет маленькая розовая рыбка. За ней и за её многочисленными сёстрами присматривает отец – немного ворчливый морской колдун Фудзимото, мечтающий однажды вернуть эру Океана.
В отличие от отца, который недолюбливает и опасается людей, рыбка любознательна и очень хочет узнать, что же происходит там, над водой. Однажды её любопытство играет с ней злую шутку: малышка оказывается в банке, выброшенной на берег!
Её спасает добрый мальчик Сооске, живущий неподалёку в уютном домике на холме. Таким разным героям удаётся провести замечательный день вместе. И теперь маленькая рыбка, которую Сооске назвал Поньо, мечтает только об одном: стать самой настоящей девочкой, чтобы уже никогда не расставаться с новым другом! Но не все в жизни Поньо зависит только от её желания.