«Было дело. 2000-е» — хроника криминальной жизни Казахстана в начале нового века. Среди самых громких дел, реконструированных в проекте, — «Аксайская резня», «Арканкерген: застава смерти», а также дела, связанные с переделом собственности и заказными убийствами бизнесменов. Проект является продолжением документальной серии, начатой в 2016 году.