Emilining otasi – mashhur dramaturg ser Jon Mortimer. Otasining genlari erta o'zini ko'rsatdi va qiz bolalikdan aktyorlikka moyillik ko'rsatdi, maktab teatr spektakllarida ishtirok etdi. Oksford universiteti Lincoln kollejiga kirib, u erda rus tilini o'rgangan, Emili Mortimer talabalar spektakllarida chiqishni davom ettirdi. Bundan tashqari, u mustaqil ravishda mashhur jurnalist ayol Lorna Seyjning xotiralariga asoslangan ssenariy yozdi va "Daily Telegraph" nashriyotining ustunini boshqargan.
Talantli o'yini bilan spektakllarda e'tiborni jalb etgan Emili Mortimerga "Shisha qizlik" telefilmi uchun rol taklif qilindi. Shunday qilib, 1995-yilda aktrisa ekranga debyut qildi va darhol bosh rolni o'ynadi – boy oiladan bo'lgan Anabella qizning hayotida yuzaga kelgan keskin o'zgarishlarini tasvirladi. Shu paytdan boshlab Emily Mortimer doimiy ravishda jozibali takliflar olishni boshladi. O'sha yili u "Sharpning qilichi" telefilmining yana bir seriyasida chiqdi, bu erda Britaniya armiyasi ofitseri Sharpning Napoleon urushlari davridagi sarguzashtlari Shon Bin tomonidan tasvirlangan edi.
Katta kino debyuti 1996-yilda bo'ldi, u Maykl Duglas va Uel Kilmer ishtirokidagi "Hayvon va zulmat" filmida suratga tushdi. Keyin "Oxirgi buyuk podshoh" filmi chiqdi. Keyinchalik Emili Mortimer katta miqyosli kostyumli "Yelizaveta" filmida ishtirok etdi va 1998-yilda Piter O'Tul bilan birga "Uyga qaytish" telefilmida bosh rollardan birini o'ynadi.
1999-yilda aktrisa xalqaro miqyosga chiqdi, "Notting Xill" romantik filmida, "Qichqiriq-3" katta byudjetli trillerida va mashhur Amerika seriali "Nuhning kemasi"da ishtirok etdi. Keyingi yilda Bryus Uillis bilan "Bolakay" filmida suratga tushdi, so'ngra Shekspirning "Sevgi uchun behuda harakatlar" ekranlashtirishida Katerina rolini o'ynadi va u yerda kelajakdagi eri, aktyor Alessandero Nivola bilan tanishdi. Emilining so'nggi ishlaridan "Xaoz nazariyasi", "Aziz Frenki" va "Mening aqldan ozgan ukam" filmlaridagi bosh rollarni va "Pushti Pantera" hamda "La'natlangan orol" kabi katta loyihalarda ishtirokini alohida ta'kidlash mumkin.
