Hayao 1941-yil 5-yanvar kuni Yaponiyaning Tokio shahrida Miyazaki Katsuji oilasida dunyoga kelgan. U Ikkinchi Jahon urushi yillarida tug'ilgan va o'sha vaqtda uning otasi "Miyazaki Eyrpleyn" fabrikasining direktori bo'lib, A6M Zero samolyotlari uchun detallar ishlab chiqarilgan. Bolaning onasi sil kasalligidan aziyat chekib, kasalxonadan kasalxonaga ko'chirilgan, shuning uchun oila tez-tez joy almashtirgan.
Hayao maktabning yuqori sinflarida, Kazuhiko Okabe va Taiji Yabusita rejissyorlarining "Oq ilon afsonasi" (1958) multfilmini ko'rganidan keyin animatsiya bilan qiziqa boshlagan. Shundan so'ng u o'zini animatsionchi qilishga qaror qilgan.
Maktabni tugatgandan so'ng u nufuzli Gakushuin universitetiga siyosat va iqtisodiyot fakultetiga o'qishga kirdi. Universitetda iqtisodiyot fanlarini o'rganish bilan birga, universitet klubi orqali bolalar adabiyotini o'rganib chiqqan.
Universitetni tugatgandan so'ng, 22 yoshli bitiruvchi "Toei Animation" studiyasida fazovchi sifatida ishga kirdi. Bir yildan so'ng, 1964-yilda, u kasaba uyushmasining raisi lavozimini egallagan. 24 yoshida u Akemi Ota bilan turmush qurdi va keyinchalik ikki o'g'il farzandli bo'ldi.
U 30 yoshidan boshlab animatsion filmlarni rejissyorlik qilishni boshladi. 1971-yilda u "Lupen III" (1971-1972) multserialining mualliflari tarkibiga kirdi. Keyinchalik "Lupen III: Qism 2" (1977–1980) va "Lupen III: Kaliosro qasri" (1979), "Konan – kelajakning bolasi" (1978) ustida ishlagan.
43 yoshida u "Shamol vodiysining Nausikaa" (1984) filmini taqdim etdi. Garchi bu uning birinchi ishi bo'lmasa-da, aynan shu film bilan u mashhur va ijodkor sifatida shuhrat qozondi. 1985-yilda do'sti va hamkasbi Isao Takahata bilan birga "Gibli" animatsion studiyasini tashkil etdi, bu yerda uning keyingi ishlarini amalga oshirildi.
Hayao filmlari tez orada Yaponiyada kassa muvaffaqiyatiga erishdi. Ayniqsa, "Mening qo'shni Totoro" (1988), "Porko Rosso" (1992), "Mononoke malikasi" (1997) kabi filmlar katta shov-shuvga sabab bo'ldi.
Qiziqarli tomoni shundaki, eng yorqin va quvonchli animatsion filmlarning muallifi o'zini "to'liq pessimist" deb biladi. "Ammo pessimizmga qaramay, men 'umidsizlikka tushing, yug'ring va yashiring' degan filmlar yaratmoqchi emasman. Men aytmoqchi bo'lgan narsa – 'Qo'rqmang, bir kun hamma narsa o'z o'rniga keladi va biror joyda sizni yaxshi narsa kutib turadi'", – deb aytadi Hayao.
2001-yilda uning "Ruhlar olib ketgan" filmi Yaponiyada tarixidagi eng daromadli film bo'ldi. Bu film tufayli yapon animatsionchisining shuhrati butun dunyoni aylanib chiqdi. "Ruhlar olib ketgan" uchun Miyazaki "Oskar" mukofotini eng yaxshi animatsion film muallifi sifatida, Berlin kinofestivalining asosiy mukofotini va Yevropa, Britaniya kino akademiyalarining nominatsiyalarini, "Saturn" va frantsuz "Sezar" mukofotlarini oldi.
2004-yilda Miyazaki yana bir shahkarani – "Yuradigan qasr"ni taqdim etdi, bu film yana bir bor jahon shuhratini olib keldi va "Oskar" va Venetsiya kinofestivali mukofotlari uchun nominatsiya qilindi. 2005-yilda Venetsiya juriysi unga jahon kino san'atiga qo'shgan hissasi uchun "Oltin Arslon" faxriy mukofotini berdi. Uch yildan so'ng, 2008-yilda, "Ponya baliq utishida" animatsion filmi uchun Venetsiyada yana bir qator mukofotlar bilan taqdirlandi.
2013-yilda uning yangi ishi "Shamol kuchayadi" chiqdi. Miyazaki bu film bilan o'z karerasini tugatishini e'lon qildi.
Buyuk ustaning katta o'g'li Goro Miyazaki (1967) ham animatsionchi bo'ldi. Kichik o'g'li Kensuske esa daraxtni o'ymakorlik bilan shug'ullanadi.
