Maktab bankasidan boshlab Ilya teatrga qiziqib, Igor Gorbachyov aktyor studiyasiga bordi. Biroq maktabdan keyin tibbiyot institutiga kirdi. Bir muddat o'tgach, LETI'dagi avtomatika va hisoblash texnikasi fakultetiga o'tdi. Hali bitirmaganida, Ilya Shakunov LGITMiKga Veniamin Filshchinskiyning kursiga kirdi. Talaba bo'lganida, "Gore ot uma" spektaklida Peterburg TYuZida Chatskiy rolini ijro etdi.
1996-yilda LGITMiKni tugatgandan so'ng, Ilya Shakunov TYuZ truppasiga qo'shildi. U yerga teatrning badiiy rahbari Andrey Andreevning taklifiga ko'ra kirdi. TYuZ sahnasida yosh artist "Rusalka", "O'qituvchi ritmiki" va "Dargon" kabi spektakllarda rol o'ynadi.
Bundan tashqari, Ilya "Putany", "Kevagi, kevagi..." va "Kuzgi skripkalar" kabi spektakllarda ishtirok etdi. Bir muddat o'tgach, aktyorni Tovstonogov nomidagi teatrdan taklif qilishdi, ammo ikki oy o'tgach u TYuZga qaytib keldi.
Ilya Shakunov kino suratga olishni 1994-yilda boshladi. Uning birinchi ishi Yuriy Pavlovning "Sotvorenie Adama" filmidagi epizodik rol bo'ldi. Keyin aktyor Ilya Makarovning "Tana erni erga topshiriladi, katta michman qo'shiq aytadi" komediyasi va Aleksey Balabanovning "Pro urodov va lyudey" dramasida paydo bo'ldi.
1998-yilda Ilya "Gorko!" komediyasida suratga tushdi va keyingi yilda "Agent milliy xavfsizlik" serialining bir epizodida ishtirok etdi.
1999-yilda aktyor bir vaqtning o'zida Aleksandr Sokurovning "Molox" dramasida va Dmitriy Meskhievning "Ayol mulki" melodramasida rol o'ynadi.
2001-yilda Ilya Shakunovning karerasida o'zgarish sodir bo'ldi. U Oleg Kovalovning "Temmaya tuni" harbiy dramasida bosh rolni o'ynadi. Kino tanqidchilarning ijobiy sharhlari va turli festivallarda iliq qabul qilinganiga qaramay, film kinoefirga chiqmadi. Biroq aktyorni ko'proq e'tiborga olishdi va katta kino loyihalariga taklif qilishni boshladilar.
2002-yilda u "Po imeni Baron", "Podrujka Kuz", "Kamenaskaya" seriallari, "Rus kovcheg", "Gololyod", "Pisma k Elze" va "Kidnepping" filmlarida ishtirok etdi.
Keyinchalik aktyorning filmografiyasi "Qora shoh", "Flesh.ka", "Men va sen" va "Davlat hukmdori taqdiri" kabi filmlar bilan boyitildi.
