Mark 22 noyabr 1967 yilda Kenoshi, Viskonsin shtati (AQSh)da tug'ilgan. Uning oilasi Los-Anjelesga ko'chib o'tgach, Ruffalo Stella Adler konservatoriyasiga berilgan. U shuningdek, Orpheus Theatre Company teatrining asoschilaridan biri bo'lgan, u uchun ssenariylar yozgan, rejissyorlik qilgan va rollarni ijro etgan. Biroq, aktyor o'zining kunlik tirikchiligini barman bo'lib topib, bu holat to'qqiz yil davom etgan.
1996 yilda Mark Ruffalo "Dentist" filmida kichik rol olgan, keyin 1998 yilda "Medvezhatniklar" krimin komediyasida va 1999 yilda "Pogonya s Dyavolom" filmida paydo bo'lgan.
Yozuvchi Kennet Lonergan bilan tanishgach, Ruffalo uning bir nechta spektakllarida o'ynagan, jumladan, "This Is Our Youth" ("Bu bizning yoshligimiz") pyesasida. 2000 yilda Mark Lonerganning "Mene yordam ber" deb nomlangan, Oskar mukofotiga nomzod bo'lgan filmidagi asosiy rollardan birida suratga tushgan. O'zi Mark filmdagi ishi uchun tanqidchilarning ijobiy sharhlarini olgan, uni Marlon Brando bilan solishtirishni boshlaganlar. Bundan tashqari, aktyor Los-Anjeles kino tanqidchilari assotsiatsiyasi mukofotini olgan va Monreal kino festivalida dunyo kinosida g'olib chiqqan. Keyin "Oxirgi qasr" (2001 yil), "Shamol bilan gaplashuvchilar" (2001 yil) va "Xiyonat mantig'i" (2002 yil) filmlaridagi rollar bo'lgan.
Tom Krouz bilan birga Mark Ruffalo 2004 yilda "Souchastnik" filmida suratga tushgan. U shuningdek, romantik komediyalarda "Yuqoridan ko'rinish yaxshi" (2003 yil), "13 dan 30 gacha" (2004 yil), "Osmon va yer orasida" (2005 yil) va "Gossiplar yuradi" (2006 yil) filmalarida asosiy rollarni o'ynagan. 2004 yilda Ruffalo Mishel Gondriyning Oskar mukofotiga sazovor bo'lgan "Vecherniy nur toza aql" dramasida suratga tushgan.
2007 yilda ekranga "Zodiak" trilieri chiqqan, u yerda Mark inspektor Devid Toshi roliga kirib ketgan. O'sha yili "Zapovednaya doroga" trilierining premyerasi bo'lib o'tgan. 2010 yilda Mark Ruffalo "Bolalar tartibda" komediya dramasida paydo bo'lgan.
23 iyul 2010 yilda Mark Kris Evans, Robert Dauni kichik, Kris Xemsuort va boshqa aktyorlar bilan birga "Mstители" filmida suratga tushishini e'lon qilindi, uning premyerasi 4 may 2012 yilda mo'ljalangan.