Aktyorlik ta’limini Sergey Shkaliqov GITISda olgan. U Oleg Tabakovning kursida o’qigan. Institutni 1986-yilda tugatgandan keyin, Oleg Tabakov boshqaruvidagi teatrda aktyor bo’lib ishlagan. 1990-yilda u Chexov nomidagi Moskva Badiiy Teatrining truppasi tarkibiga kirgan.
1985-yilda aktyorning ishtirokida “Mariya uchun pul” spektakli televizorda namoyish etilgan. To'liq ekran debyuti Sergey Shkaliqovning 1986-yilda Aleksandr Efremovning “Direktor uchun imtihon” melodramasida bo’lgan, u yerda u bosh rolni ijro etgan. Shkaliqovning personaji, Viktor Petrovich, tasodifan qishloq maktabining direktori bo’lgan biologiya o’qituvchisi, voqea davomida o’quvchilar va boshqa o’qituvchilar bilan to'g'ri munosabatlar o'rnatishga majbur bo’lgan. O’sha yilda aktyorning ishtirokida “Yaguar” dramasida, Chiledagi Pinochet rejimiga qarshi kurash haqida chiqqan.
Keyin rejissyor Sergey Alarkon Shkaliqovni o’zining “Bir bilyard jamoasining tarixi” kinopritchasida suratga olishni taklif qilgan, u 1988-yilda ekranga chiqqan. Keyingi yilda u Sergey Bodrov-kseniorning “SER” ijtimoiy dramasida, shuningdek, Aleksandr Nagovitsinning “Erkak, keyin ayol” kostyumli lentasida suratga tushgan. 1990-yilda Sergey Shkaliqov yana Aleksandr Efremov bilan “Bizning odam San-Remoda” musiqiy komediyasida suratga tushgan, u yerda u bosh rollardan birini ijro etgan.
Sergey Shkaliqovning eng yaxshi rollaridan biri 1992-yilda Ernest Yasanning “Reket” jinoyat dramasida mafyaga qarshi kurashayotgan militsiya kapitan Dimitri Glazkov bo’lgan. 90-yillarning oxirida aktyor televizion seriallar uchun suratga tushgan, “Chexov va Ko” filmida va Lev Gurskiyning “O’rinlar almashinuvi” romanining ekranganasi bo’lgan “Detektiv Dubrovskiyning dosye” serialida.
Hayotining so’nggi yillarida Sergey Shkaliqov spirtli ichimliklar bilan bog’liq muammolarga duch kelgan. U 1998-yil 6-dekabrda yurak etishmovchiligidan vafot etgan. Uning kinodagi so’nggi ishi “Menga o’rniga” dramasidagi Tral roli bo’lgan, u aktyorning vafotidan keyin 2000-yilda chiqqan.
