Мультфильм состоит из трех частей «Чебурашка и цирк», «Чебурашка уходит в зоопарк» и «Советы Шапокляк». В первой части Чебурашка и крокодил Гена идут в цирк и помогают девочке Маше хорошо выступить в спектакле. Во второй Гена заболевает, и Чебурашке приходится заменить его в зоопарке. Старуха Шапокляк показывает детям, что Чебурашка – это крокодил Гена. В третьей части Шапокляк приезжает в город искать свою внучку. Она просит Крокодила Гену и Чебурашку о помощи, и в этой серии старуха дает детям советы.
Режиссер Макото Накамура намеренно сделал выбор в пользу кукольной анимации, а не более простого в выполнении способа — компьютерной графики. По его мнению, «в кукольной анимации есть особый неповторимый шарм и, в отличие от графики, куклы — это реально существующие вещи, которые вдохнули жизнь с помощью движения, именно поэтому на экране они воспринимаются иначе».
