Аниме начинается панорамной экспозицией: спустя тысячелетие после уничтожения прежней цивилизации Земли люди живут в тяжких условиях: обороняются от насекомых-гигантов, воюют за ресурсы, пытаются оградить поселения от ядовитых испарений Леса. В Долине ветров не всё так плохо: жители обуздали воздушные стихии, построили мельницы, что добывают из недр чистую воду. На скальных террасах растут чистые овощи. Ветер относит в сторону опасные споры. В шахтах добывают металлы и уголь. Долина ветров не участвует в сражениях за ресурсы – всего достаточно.
Навсикая, дочь правителя, любит бывать в Лесу. Это не праздные прогулки: она ищет панцири гигантских омов. Они необходимы для существования поселения. Лес опасен, но юная княжна ловка, сильна, разбирается в повадках зверей и свойствах растений: о её образовании позаботился Юма – лучший фехтовальщик нескольких королевств.
В один из таких походов она спасает летучее судно соседней страны от атаки насекомых. На её руках умирает принцесса Ластель. Навсикая должна уничтожить корабль с эмбрионом, но княжне не дают это сделать принцесса Ксяна и её помощник. Им нужен Титан для войны, они не понимают, насколько он опасен.
В схватке с негодяями гибнет отец юной княжны. Все королевства воюют друг с другом. Физитское даже умудряется натравить на Тольмекию насекомых и хочет повторить манёвр с Долиной ветров. Воины Ксяны даже с помощью Титана не могут остановить яростных омов: физиты намеренно ранили детёныша.
Навсикая бесстрашно возвращает малыша гигантам, как оказалось, разумным. Омы в ответ исцеляют её раны, а потом поднимают вверх на своих щупальцах и золотых лучах. Сбывается древнее пророчество: княжна – тот человек, который всех спасёт. Этим хэппи-эндом мультфильм заканчивается.
