Свадьба на острове Санторини в Греции прерывается сильным землетрясением. Благодаря этому обнаруживается Храм Луны, построенный Александром Македонским, в котором собраны самые ценные сокровища мира. Главная героиня, Лара Крофт, находит там загадочную сферу. К сожалению, она сразу же упускает ее из рук, Чен Ло крадет ее для перепродажи. Сфера является ключом к Ящику Пандоры, а находится теперь этот артефакт у мирового производителя самых опасных болезней.
Проштудировав архивы, заручившись помощью MI-6, Крофт отправляется на поиски утерянного сокровища. Она берет с собой бывшего любовника Терри Шеридана, только сперва его нужно вызволит из тюрьмы в Казахстане. Герои выслеживают Чен Ло, вступают с ним в схватку и узнают местонахождение сферы. Лара и Терри встречаются с африканским другом Коса, он рассказывает им истории, которые ходят среди местных о Колыбели Жизни. Это кратер, открытие которого может привести к мировой катастрофе.
Райз пытается выведать у Лары его местонахождение, угрожая жизням ее друзей.
Прибывая к кратеру, они натыкаются на его Стражей Теней, гуманоидам, которые убивают не раздумывая и без колебаний. Половина из экспедиции гибнет в бою. Когда Лара бросает сферу в кратер, открывая Колыбель Жизни, Стражи исчезают. Крофт и Райз оказываются внутри, в пещерном лабиринте из какой-то странной породы, заряженной энергией. Внутри они находят бассейн с черной кислотой, в котором лежит Ящик Пандоры. Законы физики в этом месте не действуют. Лару и Райза догоняет Терри. Завязывается драка, в которой Крофт чуть не погибает. Ее спасает бывший возлюбленный. Он собирается забрать коробку с собой в качестве компенсации, но Лара решительно против. Она выстреливает в Терри и оставляет его лежать возле бассейна.
