К 2060-м годам технология создания роботов стала чрезвычайно развитой. В мире активно стала себя проявлять кибернетика. Однако мировое сообщество начинает выступать против развития робототехники, в результате чего США объявляют об одностороннем запрете на дальнейшие исследования в 2067 году. Япония, являющаяся родиной компании-пионера робототехники «Daiwa Heavy Industries», решительно протестует против этого запрета, но никак не может помешать его реализации. В знак протеста Япония выходит из международной политики. Все иностранцы депортируются из страны, дальнейшая иммиграция в страну также оказывается под запретом. Кроме того, в стране выстраивается электромагнитная сеть «R.A.C.E.», состоящая из 270-ти установок, расположенных в море, которые покрывают Японию энергетическим полем, сводя на нет любую связь с внешним миром и делая невозможным спутниковое наблюдение. Торговля и дипломатия между другими странами продолжаются, но Япония исчезает с мировой арены.
Десять лет спустя спецназ ВМС США «МЕЧ» пытается поймать японского информатора «Daiwa Heavy Industries» на территории Колорадо. Подстрекатель Сайто убегает, отрубив себе ногу. Анализ показывает, что нога изготовлена из биометалла. «МЕЧ» подозревает, что Япония скрывает широкое развитие запрещенных технологий. Они предпринимают неутвержденную схему проникновения в Японию, выяснения частоты работы сети «R.A.C.E.» Эта информация позволяющая МЕЧУ собирать разведданные по стране. Хоть агенты «МЕЧа» и успешно въезжают в Японию, они сразу обнаруживаются силами безопасности, прежде чем они могут передать свои данные. Вексилл - единственный агент «МЕЧа», которому удалось избежать захвата силами безопасности Японии. Из группы агентов выживает только её возлюбленный Леон. Его доставляют в штаб-квартиру «Daiwa Heavy Industries». Вексилл просыпается и обнаруживает, что Токио - теперь трущобный город, которым правит «Daiwa Heavy Industries». Небольшое движение сопротивления противостоит компании. Они используют передатчик Вексилл для успешной передачи частоты работы сети «R.A.C.E.» для передачи информации.
Мария, глава сопротивления, рассказывает о их 10-летней жизни в конспирации, пока «МЕЧ» изучает Японию. Сейчас она превратилась безжизненную пустошь. В 2067 году неизвестная болезнь поразила Японию. Учёные начали разрабатывать экспериментальную вакцину. На самом деле, болезнь была создана компанией «Daiwa» специально, и «вакцина» использовалась как оправдание для «Daiwa», чтобы начать тестирование экспериментальной нанотехнологии. Каждый японский гражданин был превращен в форму синтетической жизни. Однако после вакцинации у некоторых людей стали проявляться непредвиденные побочные эффекты; преобразование было несовершенным, в результате чего зараженные люди теряли свою свободу воли и становились просто машинами, имитирующими жизнь. Некоторые из нанотехнологий вышли из-под контроля, создав «Джагс», гигантские вихревые конструкции из полусинтетического металла, которые теперь свободно бродят по пустоши. «Джагс» уничтожил всю Японию, за исключением Токио, который защищен непроходимой керамической стеной.
Сопротивление планирует провести одного из «Джагсов» вдоль служебного моста в корпоративную штаб-квартиру «Daiwa», которая сейчас находится в центре Токийского залива. Вексилл добровольно помогает сопротивлению. У неё есть большое преимущество – она может летать с помощью своих доспехов. Тем не менее, несмотря на то, что Вексилл и Мария сумели провести «Джагса» до конца служебного моста, оказалось, что мост был отделён от штаб-квартиры, и дойдя до его конца «Джагс» упал в море, а Вексилл и Мария были захвачены в плен. Их доставляют к Кисараги, мастеру «Daiwa», который хвастается, что его исследование почти завершено. И поскольку ему нужно больше испытуемых, он собирается вторгнуться в Америку. Вексилл нападает на него со скрытым ножом, показывая, что его кровь всё ещё человеческая, что он сам не использовал вакцину. Сайто, затем душит его. Городской совет открывает керамические ворота, разрушая Токио и позволяя «Джагсам» войти в штаб-квартиру «Daiwa». Кисараги, каким-то образом выживший, стреляет в Сайто и убегает с его исследованиями. Затем Сайто освобождает Вексилл и Марию, прежде чем скончаться от кровопотери.
Вексилл преследует Кисараги, в то время как Мария освобождает Леона, который проявляет заботу о Вексилле, тем самым зля Марию. Таким образом, когда Вексилл препятствует побегу Кисараги на вертолете, Мария хватает его и удерживает вместе, как «Джагс» пожирает их. Вексилл и Леон спасаются на вертолёте «МЕЧа», когда штаб-квартира «Daiwa» рушится в бухту вместе с каждым «Джагсом» в Японии. Поскольку Вексилл и Леон летят из совершенно безжизненной Японии, Вексилл комментирует, что дух человечества никогда не сможет быть уничтожен.
