Спустя два года после того, как американская семья Картеров, сбившись с пути, попала в закрытую местность «Сектор 16», где и нашла мучительную гибель в лапах мутантов, давно утративших человеческий облик, трагедия разворачивается с новой силой. Тогда спастись удалось только одной из женщин, от которых требовалось рожать монстрам детей. Здоровое потомство необходимо для выживания, и чудовищный главарь папа Гадес решает обзавестись новыми здоровыми девушками.
Остановившись на привал у холмов на юге Нью-Мексико после учений, отряд национальных гвардейцев случайно ловит сигнал бедствия, который исходит из лагеря, который должен быть заброшенным. Понятно, что бравые ребята сразу же отправляются на поиски тех, кому нужна помощь. Однако по дороге натыкаются на небывалых агрессивных уродов. Это и есть мутанты, появившиеся в результате проведенных ранее экспериментов.
Попытавшись спуститься со скалы, военные подвергаются постоянным нападениям, веревки оказываются повреждены и потому единственным путем для отхода может служить только дорога через сеть пещер и катакомб. Но мутанты чувствуют себя во тьме как дома, ведь всю свою жизнь они провели именно там. Особой опасности подвергаются Мисси и Амбер ввиду своего пола, о чем они узнают из рассказа командующего войсками, с которым чудом удается связаться.
На пути им встречается сочувствующий мутант Гензель, который указывает правильную дорогу. Преодолев все тяготы и трудности, потеряв многих товарищей, троим солдатам, Наполеону и девушкам, удается уничтожить Гадеса. Финал остается открытым, так как в последней сцене виден компьютер с фигурками людей на экране и рука мутанта, закрывающая крышку.
