Война с арахнидами никак не кончается, и население начинает проявлять недовольство. Полковник Джон Рико теперь руководит базой, являющейся важным форпостом в борьбе с жуками, которые не могут пересечь периметр благодаря защитным сооружениям и электрическим заборам. На эту базу прибывает главнокомандующий войск Федерации Омар Аноки, его сопровождают старые друзья Рико – генерал разведки Дикс и капитан крейсера Лола Бэк.
В ходе разговора Джон выказывает недовольство политикой правительства, и Аноки отстраняет его от командования. В этот же момент отключаются системы обороны, и арахниды проникают на базу. Рико руководит защитой, но по окончанию боя военный трибунал приговаривает его к повешению. Корабль Аноки, на котором тот выбирается с планеты, сбивают, и экипаж вынужден совершить посадку на населенной жуками планете, где большая часть команды погибает в ловушках. Выжившие понимают главнокомандующий Аноки – предатель. Его разум затуманил Супермозг, жук, который в конце первого фильма специально сдался федерации, чтобы подобраться к руководству. Узнав об этом, Дикс в последний момент амнистирует Джона Рико, дабы тот спас положение.
