Далёкое будущее. Человечество колонизирует многие планеты. Возрождается пиратство, теперь уже космическое. На одну из планет прилетает корабль «Аркадия». Группа людей подбегает к нему. Среди них есть и наш герой - подросток Яма. Парень произносит правильный пароль, поэтому попадает на корабль. Капитан корабля Харлок принимает нового члена в пиратские ряды.
Через некоторое время «Аркадия» нападает на очередное космическое судно. После обстрела из орудий, пираты идут на абордаж. Успех на стороне бандитов, они захватывают корабль. Но один из солдат внедряет в глаз Яма жучок. Становится ясно, что парень не обычный подросток, он работает на правительство. Коалиция Гая хочет уничтожить пиратский корабль. Флотом командует Эзра - брат Яма. Адмирал уверяет верховных правителей, что его информатору можно доверять, вскоре Харлок будет разбит.
Девушка, помощница капитана собирается на другую планету, но ей нужен один смельчак. Никто не соглашается, ведь за бортом очень опасно. На трудное дело вызывается Яма.
На отдельной двухместной ракете они спускаются на поверхность. Там пара должна установить детонатор номер 99. Харлок хочет заминировать всю вселенную, а затем взорвать её. Тем самым он надеется на то, что часы мира пойдут вспять. Но вот на планете начинает извергаться вулкан. Яма выталкивает спутницу, её подхватывает другое космическое устройство. Парень падает, от лавы его отделяет лишь небольшая высота. Капитан камнем прыгает вниз, он хочет спасти своего пирата. Харлок подхватывает Яма и поднимает его наверх. Теперь нужно взлететь на ракете. Экипаж «Аркадии» думает, что скоро придётся выбирать нового лидера. Яма, выполняя свой долг, наставляет на Харлока пистолет. Капитан объясняет, что он никогда не был бандитом, всегда боролся за свободу. Теперь герой должен сделать свой выбор, парень понимает, что не сможет выбраться отсюда в одиночку. Он убирает пистолет и помогает пирату. Ракета взмывает вверх, оба члена экипажа спасены.
По возвращении на корабль Харлок не принимает никаких решений против Яма. Эзра и верховный совет решаются на последние меры. По тревоге поднят весь космический флот, пират должен быть уничтожен. Яма по видеосвязи пытается убедить Эзра отступить, но тот не соглашается. Надо уточнить, что адмирал ненавидит своего брата. Ещё давно, Яма по своей глупости сделал Эзра инвалидом. Теперь высокопоставленный военный командует из кресла. Яма хотел искупить вину перед братом, поэтому и согласился быть шпионом.
Завязывается космический бой. Флот коалиции концентрирует всю свою энергию для удара по «Аркадии». Но после выстрела становится ясно, что это была голограмма. Настоящий пиратский крейсер заходит с борта и расстреливает флагман. Правительственный флот отступает, Эзра и многие другие офицеры взяты в плен.
Яма хочет узнать у пленного адмирала все подробности. Эзра рассказывает длинную историю. Когда-то давно все бежали с Земли. Но затем началась война за возвращение. В ней победила коалиция Гая. Но простые люди так и не вернулись на Родину. На зелёную планету прибыли лишь самые верхушки общества. Харлок тогда командовал ещё правительственной «Аркадией». Капитан, видя такую несправедливость, нанёс удар по коалиции. Завязалось противостояние. Во время него был убит лучший друг Харлока. Парень пришёл в бешенство. Он расстрелял Землю, это привело к её гибели. Весь мир видит сейчас лишь голограмму.
Яма удивлён от такого рассказа. Он поднимается на капитанский мостик, где собрались многие знатные пираты. Но тут происходит непредвиденное. Пленники открывают камеры и захватывают оружие. Через пару секунд правительственные силы окружают капитанский мостик. Эзра зачитывает официальный акт об аресте Харлока.
«Аркадию» доставляют на место разборки. Через некоторое время её уничтожат, вместе со всем экипажем. Эзра вызволяет Яма, ведь официально тот был агентом. Парень отправляется на Землю, он хочет узнать, что там сейчас. В бескрайней космической пустыне Яма обнаруживает цветок, это значит, что жизнь возвращается на планету. Парень понимает, что старания Харлока не напрасны. Тогда он освобождает пленников и корабль. Пираты идут к Земле.
Эзра хочет этому помещать, начинается бой кораблей. Правительство приказывает применить мощное оружие, но адмирал отказывается, ведь это может уничтожить планету. Пираты стреляют в проекторы. После их уничтожения весь мир видит настоящее состояние Земли. «Аркадия» таранит «Арфей»- флагман правительственного флота. На корабле завязывается ближний бой. Эзра хочет сразиться с Ямой. Инвалид стреляет противнику в плечо. Парень отталкивает адмирала. Затем чиновник попадает из пистолета в глаз подростка. Казалось бы, что сейчас он его добьёт. Но тут вмешивается Харлок. Капитан стреляет в Эзру. Тот теперь тяжело ранен. Яма не может с этим смириться, он не хотел убивать брата. Эзра ещё некоторое время дышит, но затем умирает на руках у подростка.
Яма поднимается на капитанский мостик. Он хочет застрелить Харлока. Тот убеждает парня, что сам ни в чём не виноват, планету хотело уничтожить правительство. Коалиция Гая даже попыталась это сделать, но орудия промахнулись. «Аркадия» садится на поверхность Земли. Харлок произносит речь, в ней он рассказывает о свободе и её предназначении. Затем он обращается к Яме. Просит его найти своё предназначение. Капитан отдаёт повязку на глаз Яме. Птица Харлока садится на плечо к парню. Теперь у корабля есть новый капитан. Флот коалиции требует сдаться, иначе он откроет огонь.
Яма командует экипажу перейти к бою. Многие пираты устали, другие ранены, но они исполняют команду. Быстро заводятся двигатели. Даже пиратский потрёпанный флаг и тот восстанавливается. Теперь он развивается своим чёрным полотном. Нам показывают прогретые турбины и цветы, которые уже выросли на планете. Корабль поднимается с поверхности. Через пару мгновений он уходит от флота Гая, и пиратское судно скрывается в космосе.
Отзывы