Год 2293. В свой первый, праздничный, полёт уходит новый звездолёт «Энтерпрайз-B». На торжество приглашены и члены экипажа старого «Энтерпрайза» — Джеймс Кирк, Монтгомери Скотт и Павел Чехов. Во время полёта экипаж принимает сигнал бедствия двух Эль-Аурийских кораблей, попавших под удар неизвестного потока энергии, так называемой «ленты», и спешит им на помощь. Удаётся спасти сорок семь членов экипажа, остальные гибнут вместе с кораблями. А в момент попадания «ленты» в «Энтерпрайз» погибает и Кирк.
Год 2371, прошло 78 лет после Эль-Аурийского инцидента. Команда звездолёта «Энтерпрайз-D» под командованием капитана Жан-Люка Пикара получает приказ расследовать нападение на обсерваторию «Амаргоса» (Amargosa). Прибыв на станцию, экипаж узнаёт, что её работник, доктор Толиан Соран, в тайне создаёт оружие, способное уничтожать целые звёздные системы. Кроме того, выясняется, что Соран — один из выживших в злополучном Эль-Аурийском инциденте. Соран потратил много лет, чтобы узнать, как попасть внутрь той самой смертоносной ленты. Эта пространственная аномалия переносит попавших под её действие в иное измерение — Нексус, в котором время не имеет той силы, с которой воздействует на всех живущих в этой Вселенной, люди в Нексусе могут быть абсолютно счастливы и имеют возможность увидеть, как сбываются все их сокровенные фантазии. Но чтобы попасть внутрь ленты, доктору придётся скорректировать её маршрут, взорвав несколько звёзд и уничтожив при этом 250 000 000 жизней.
Пикар пытается остановить злодея и отправляется за ним на планету Веридиан 3. Соран выполняет свой план, несмотря на усилия Пикара. Звезда, вокруг которой вращается Веридиан 3 взрывается, унося внутрь ленты и Сорана, и Пикара. Там Жан-Люк встречает капитана Кирка, и они вместе возвращаются в прошлое, чтобы остановить Сорана. Во время противостояния, Соран был побеждён, но капитан Кирк погибает. Звездолёт Энтерпрайз-D, после нападения клингонов, совершает аварийную посадку на планету, после которой восстановлению не подлежит.
Время действия фильма — 2293 и 2371 года.
