Над Готэм-Сити летит самолет, загруженный взрывчаткой. Пилоты просят авиадиспетчеров дать добро на пролет борта в воздушном пространстве города. Самолет захватывает Джокер и его подручные, которых он освободил из тюрем. Джокер установил под энергетическим центром города супербомбу и угрожает ее взорвать. В этом случае Готэм со всем его населением провалится в тектоническую пропасть, располагающуюся под ним. Комиссар Джим Гордон пытается задействовать Бэт-сигнал, но Бэтмен не доступен. Джокер требует прибытия мэра, его пожелание выполняется, но вместо мэра появляется замаскированный Бэтмен.
Город в очередной раз спасен, бомба обезврежена. Однако Бэтмен оскорбляет Джокера, заявив ему, что не испытывает к нему ненависти. Он для него – пустое место. Как и все остальные, впрочем.
Бэтмен возвращается домой, занимается своими обычными делами: переодевается, поедает разогретого лобстера, смотрит в кинозале мелодраму. Альфред сообщает ему, что намечается вечеринка по поводу выхода на пенсию комиссара Гордона. Бэтмен отправляется туда в виде Брюса Уэйна. По пути он смотрит репортаж о том, что Супермену удалось отправить в Фантомную зону генерала Зода.
На приеме ему досаждает разговорами юноша-сирота Дик Грейсон из приюта. Он просит Бэтмена его усыновить. Тот по рассеянности соглашается. Гордона провожают на пенсию. На это место назначена его дочь Барбара. В своем выступлении она говорит о том, что, несмотря на поддержку Бэтмена, преступность по-прежнему не побеждена. Все супер-злодеи остаются на воле. Нужно взяться за дело всем вместе. Врывается Джокер и его банда. Бэтмен готов к сражению, но, к его удивлению, Джокер и вся его банда сдаются. Их направляют в лечебницу Аркхэм. Дома Бэтмен пытается включить компьютер, тот заблокирован Альфредом. Он требует, чтобы Бэмтен занялся усыновленным Диком. Бэтмен говорит, чтобы парня посадили на первый самолет до приюта. Но Альфред впускает Дика в Бэт-пещеру. Тот в восторге. Бэтмен дает ему поиграть только спреем от акул, все остальное трогать запрещает. Бэтмен вынашивает планы, в соответствии с которыми нужно отправить Джокера в супер-тюрьму для супер-злодеев – в Фантомную зону. Но для этого нужно раздобыть Фантомный проектор, которым обладает Супермен. Бэтмен решает взять Дика с собой (он маленький и одноразовый, сможет проникнуть в хранилище Супермена). Они прибывают в жилище Супермена – Крепость одиночества. Однако там вовсю идет веселая вечеринка. Бэтмен отвлекает внимание Супермена, а Дик проникает в хранилище и похищает проектор. Затем они направляются в Аркхем. Там их встречает Барбара. Она обнаруживает проектор, пытается отобрать его у Дика и Бэтмена, те, отбиваясь от охраны, добираются до камеры Джокера. При помощи проектора Бэтмен отправляет злодея в Фантомную зону. Барбара арестует нарушителей и помещает их в соседние камеры.
В Фантомной зоне Джокер знакомится с самыми отъявленными злодеями всех времен и народов. Это Саурон, лорд Волан-де-Морт, Кинг-Конг, Гремлины, Далеки и многие другие. Сначала они решают съесть Джокера, но тот говорит, что знает, как освободить их из Фантомной зоны. В обмен они помогут Джокеру расправиться с Бэтменом и уничтожить Готэм-сити.
В Аркхеме сообщница Джокера крадет Фантомный проектор и при помощи него выпускает на волю Джокера вместе со всеми злодеями. Они обрушиваются на Готэм-сити. Полиция во главе с Барбарой Гордон бессильна. Население города в панике. Саурон заливает Готэм расплавленной лавой, Волан-де-Морт превращает каждого второго полицейского в рыбу, Кинг-Конг разрушает здания. Злодеи разыскивают Бэтмена. Они выяснили, что он обитает в доме Брюса Уэйна, и отправляются туда. Альфреду удается выбраться из дома. Барбара приходит в тюрьму. Бэтмен просит его выпустить, чтобы он мог противостоять Джокеру. Барбара ставит одно условие: Бэтмен будет действовать не в одиночку, а вместе с командой. Скрепя сердце тот соглашается. Бэтмен, Барбара, Дик и Альфред отправляются в город. Начинается битва. При помощи Барбары команде удается взорвать Саурона. Теперь его всевидящее око не подскажет Джокеру, где находится Бэтмен.
Команда направляется к острову, на котором находится дом Брюса Уэйна. При помощи хитрости Бэтмен отправляет из зоны боевых действий Альфреда, Дика и Барбару, сам отправляется на встречу с Джокером. Тот требует, чтобы Бэтмен признался ему в ненависти. Бэтмен отказывается. Тогда Джокер при помощи проектора отправляет его в Фантомную зону. Там Бэтмена встречает разумная панель Филлис. Она сканирует прибывшего и обнаруживает, что в Зону прибыл нестандартный злодей: он не совсем злой, но и совсем не добрый. Барбара, Альфред и Дик уговаривают компьютер машины Бэтмена, чтобы он позволил им спасти его хозяина. Они снова возвращаются на остров. Бэтмену также удается уговорить Филлис, и она тоже отправляет его на остров.
Совместными усилиями друзьям удается победить злодеев и снова переправить их в Фантомную зону. Но взрыв бомбы предотвратить не удается. Готэм раскалывается на части. Бэтмен организует цепочки из жителей города, они стягивают края пропасти. Но спасти Готэм ему удается только после того, как ему на помощь приходит Джокер. После спасения города Бэтмен, наконец-то, признает Джокера своим самым ненавистным врагом. Бэтмен собирается вернуться, как обещал Филлис, в Фантомную зону. Он объясняет Дику (Робину), что у него не два отца, как тот думал, а один. Теперь он готов принять Дика. Филлис решает, что Бэтмен все-таки не злодей, и позволяет остаться ему в Готэме. Барбара спрашивает Бэтмена, почему он отпустил Джокера и его банду. Тот говорит, что схватить их сразу было бы не интересно. Надо дать им тридцатиминутную фору.
Бэтмен, Альфред, Дик и Барбара отправляются в их общий дом, теперь они одна семья. Дик делает свое первое в жизни семейное селфи. Бэтмен и его семья ужинают лобстерами, вместе смотрят в кинозале мелодраму и заливаются счастливым смехом.
