В недалеком будущем разработаны технологии, позволяющие встраивать в человеческий организм различные искусственные импланты. Ведущая компания в этой сфере – «Ханка роботикс» – добилась возможности пересадить человеческий мозг в синтетическое тело, создать киборга, обладающего феноменальными физическими и интеллектуальными способностями.
Девушка, которую называют Мира Киллиан, попадает в распоряжение компании после аварии. Ее родителей убили террористы, удалось спасти только мозг девушки. Теперь она стала первым в мире существом, в котором человеческий мозг сочетается с синтетическим телом. Миру направляют в распоряжение отдела № 9, силовой структуры, призванной бороться с терроризмом. Миру теперь называют майором. Руководитель отдела Дайсукэ Арамаки направляет Миру в составе команды, куда входят Бато и Ладрийа, в отель, где происходит деловая встреча представителя компании «Ханка» доктором Осмондом и африканским лидером. Майор докладывает, что в отель вошла группа вооруженных людей. Подмога может прибыть только через несколько минут. Несмотря на запрет Арамаки, майор прыгает вниз, чтобы успеть к месту событий. Гейши-боты, прислуживающие на встрече, внезапно нападают на гостей. Одна из них скачивает информацию с портов, расположенных на шее Осмонда. Майор вступает в бой с террористами, она уничтожает и перепрограммированных гейш-ботов. Перед гибелью гейша-бот говорит чужим голосом: «Кто работает на «Ханка-роботикс» – будет уничтожен».
Майор в схватке повредила руку. Ее восстановлением занимается доктор Уилет, которая год назад создала девушку-киборга. Майор жалуется на сбои, Уилет устраняет часть воспоминаний из ее сознания.
Майор и Бато приходят в лабораторию, где доктор Далин занимается исследованием сознания перепрограммированной гейши-бота. Результаты станут известны только через несколько дней. Майор предлагает подключить свое сознание к памяти гейши-бота. Это опасно, поскольку в этот момент посторонние могут проникнуть в сознание самой Миры. Так и происходит. Кто-то пытается перепрограммировать сознание Миры, Бато успевает разорвать связь между сознанием подруги и памятью гейши-бота. Но майор теперь известно, где нужно искать таинственного хакера. Майор, Бато и Ладрийа отправляются в клуб якудза. Там у Миры возникает конфликт с местными головорезами, начинается драка со стрельбой, троица отправляет на тот свет несколько бандитов. После этого Мира и Бато проникают в подвал, где должен обитать хакер. Они попадают в ловушку. Происходит взрыв, майор, прикрывая своим телом Бато, спасает его от смерти.
Миру снова лечит доктор Уилет, Бато получает искусственные глаза. Руководитель компании делает выговор Арамаки, грозит ему карами, если тот и дальше будет так рисковать ценным оборудованием (Мирой). Тот отвечает, что подчиняется только премьер-министру. Хакер нападает на доктора Далин. Он вырывает ей глаза. Ее тело обнаруживают сотрудники отдела № 9, майор забирает из рук покойницы диск с данными на всех ведущих сотрудников компании. Мира понимает, что следующей мишенью станет доктор Уилет, которая в этот момент едет на автомобиле. Хакеру удается овладеть сознанием двух санитаров, которые находились в карете скорой помощи. Эта машина таранит автомобиль, в котором находится доктор Уилет. Майор с коллегами поспевает вовремя. Одного санитара они убивают, второго берут в плен. Хакер (он называет себя Кузе) разрывает связь своего интеллекта с сознанием пленника, но Мира успевает его обнаружить. Майор наконец-то встречается с ним. Тот рассказывает девушке, что он тоже киборг, один из многих, созданных до Миры. Компания была им недовольна, он успел сбежать и теперь мстит своим создателям. Кузе предлагает Мире присоединиться к нему. Миру захватывают сотрудники компании и доставляют ее в лабораторию. Кузе удается скрыться.
Мира поступает в распоряжение доктора Уилет. Глава компании «Ханка роботикс» Каттер приказывает Уилет скачать полезную информацию из сознания Миры, а потом уничтожить непокорного киборга. Уилет отвечает на вопросы очнувшейся Миры. Она 98-я попытка создания киборга. Доктор Уилет освобождает Миру, передает ей сведения о том, где находятся ее родители (история с гибелью от рук террористов – легенда). Мира вырывается на волю. Каттер убивает Уилет, а потом сообщает Арамаки, что это дело рук майора. Мира приходит в дом, где по сведениям, предоставленным ей доктором Уилет, живут ее родные. Ее встречает женщина по имени Каори Момои. Она рассказывает гостье о том, что у нее была дочь, которая год назад ушла из дома. Потом правительство передало ей прах беглянки. Было сказано, что девушка (ее звали Мотоко Кусанаги) покончила жизнь самоубийством. Но мать в это не верит. Мотоко была своевольной, она встречалась с друзьями где-то на Непокорных территориях. Каори говорит, что Мира ей напоминает дочь, она точно так же смотрит на нее.
Майор выходит на связь с Арамаки. Она сообщает, что не убивала доктора Уилет. Каттер их слышит. Он подсылает убийц к Арамаки. Но тот уничтожает киллеров, приговаривая, что не стоит посылать кроликов для убийства лисы. Остальные члены отдела № 9 также справляются с убийцами, посланными Каттером.
Мира снова встречается с Кузе. Они вспоминают, что когда-то вместе жили на Непокорных территориях. Кузе тогда звали Хидео. Потом их захватила полиция и передала в руки компании «Ханка роботикс».
Каттер узнает о том, где происходит встреча беглецов. Он посылает для их уничтожения чудовищный танк-паук, которым сам управляет дистанционно. В бою с танком Кузе погибает. Мире удается вывести из строя машину, но она получает серьезные повреждения. Арамаки приходит к Каттеру с ордером на его арест, тот оказывает сопротивление. Арамаки, посоветовавшись с Мирой, убивает Каттера.
Вылечившись, Мира (Мотоко) снова приступает к служебным обязанностям в отделе № 9. А еще она восстанавливает отношения с матерью.
