Главный герой истории – молодой талантливый программист Кевин Флинн. Он прекрасно разбирается в компьютерном обеспечении и умеет придумывать по-настоящему революционные вещи. Долгое время Кевин работает на известную корпорацию ENCOM, специализирующуюся на выпуске компьютерных игр. Герой ждет, что его вскоре повысят, потому что он является одним из самых перспективных сотрудников, однако все разворачивается не так, как он ожидал.
Хитрый и беспринципный коллега Флинна Эд Дилинджер присваивает себе его гениальную идею, после чего подставляет и делает так, чтобы его уволили. Оказавшись без денег и без работы, герой решает во что бы то ни стало отомстить Диллинджеру.
Однако, чтобы это сделать и доказать, что авторство принадлежало ему, Флинну необходимо в сеть корпорации и достать там один запрятанный файл. Чтобы этого не произошло, Диллиджер лишает героя доступа к Мастеру контролю – искусственному интеллекту, который управляет всеми компьютерами ENCOM.
Тем не менее, Флинн не сдается и вместе с двумя своими друзьями решают хакнуть корпорации. Однако во время этого процесса происходит нечто поистине удивительное – герой сам оказывается внутри компьютерного мира! Вскоре он выясняет, что все это было подстроено Мастер Контролем и Диллиджером.
Флинн исследует доселе неизвестный ему компьютерный мир. Оказывается, что в нем безраздельно правит Мастер Контроль, а остальные программы являются его бесправными рабами. Они содержатся в специально созданных «концлагерях» и время от времени участвуют в гладиаторских боях не на жизнь, а на смерть. Единственное, что помогает им смириться с жестокостью этого мира – вера в неких высших существ, «пользователей», которые смогут это исправить.
Флинн понимает, что для того чтобы вернуться в обычный мир ему придется лицом к лицу столкнуться с Мастер Контролем и победить его. Единственный способ сделать это – найти специальную программу ТРОН, которая сможет сбросить все программное обеспечение и установить его заново. Однако чтобы добраться до нее, герою придется преодолеть множество нечеловеческих препятствий.
