Картина открывается со сцены, в которой две женщины идут в разные места. Одна заходит в тронный зал, а другую приводит к месту казни.
В 1561 году Мария, королева Шотландии, после смерти своего мужа возвращает из Франции в дом графа Морея, своего сводного брата, в Шотландии. В Англии в это время правит ее двоюродная сестра Елизавета. Она не замужем и не может произвести наследника, а поэтому ей угрожает потенциальная претензия Марии на трон. Джон Нокс, протестантский священнослужитель в совете Марии, взбешен тем фактом, что теперь за страну будет отвечать католик. Он очень грубо вел себя в общении с королевой, а поэтому его изгнали из совета.
Елизавета хочет полностью контролировать Марию, а также убрать ее с позиции наследницы престола. Героиня решает, что лучший способ сделать это – выдать сестру за гражданина Англии. Елизавета влюблена в Роберта Дадли, но она решает предложить Марии именно его, поскольку из приближенных людей нет больше никого, кому бы она доверяла так же сильно. Роберт пытается отговорить Елизавету, убеждая, что он любит только ее, но слово королевы – закон. Мария отказывается выходить за Роберта, поскольку он не из королевской семьи, а из обычной. Она говорит, что сделает это, но при условии, что будет следующей править на английском троне. Елизавета хочет идти войной на Марию, но заболевает оспой. Узнав о надвигающейся смерти королевы, Мария соглашается выйти замуж за Дадли. Елизавета очень не хочет отпускать свою любовь, а поэтому отравляет лорда Дарнли в Шотландию. Герой утверждает, что сделает все, ради религиозной свободы, но Мария не верит ему. Между героями вспыхивают чувства, и в конечном итоге завязываются отношения.
Теперь, после этого брака, Мария еще ближе подошла к наследству на английский престол. Советники Елизаветы советуют прекратить брак, чтобы избежать конкуренции. Советники Марии, тоже не в восторге, они считают, что лорд хочет захватить страну от имени Англии. Англичане приезжают в Шотландию и требуют, чтобы Дарнли вернулся в Англию, но Мария отказывает, поскольку она выполнила условия и вышла замуж, как они просили. Такой поступок взводит Морея, он кричит на сестру и покидает совет в ярости. Герой не хочет повторять войну.
Англия поддерживает Морея. Начинается организация восстания против королевы. Мария и Дарнли женятся, но на следующее утро королева находит его в постели со своим другом. Мария расстроена, но ей нужно подавлять восстание, а времени на разборки просто нет. Сил Марии было достаточно, чтобы подавить восстание. Она также дарить жизнь своему брату, в последний момент останавливая лорда. Тем же вечером королева вынуждает заняться Дарнли с ней сексом, чтобы она могла зачать наследника. Проходит немного времени, и Мария объявляет, что носит наследника Англии и Шотландии, что, естественно, очень сильно оскорбляет англичан.
Морей встречает с отцом Дарнли Мэтью, чтобы составить план свержения Марии с трона. Начинают распространяться слухи, что на самом деле ребенок Марии – бастард, а сама она занимается прелюбодеяниями. Шахтеры встречаются с Дарнли и просят его подписать обязательство, согласно которому, близкий друг Марии должен быть убит. Герой отказывается, но его отец настаивает, говоря, что либо так, либо все узнают, что он гомосексуалист. Дарнли неохотно ставит свою подпись. Тем же вечером королева вместе со служанками и своим другом играют в игры. В покои врываются несколько человек, и казнят мужчину. Каждый наносит по одному удару. Последний делает Дарнли.
В замок возвращается Морей. Мария соглашается пустить брата, только если он расскажет, правду, по поводу облигации. Так королева узнает, что лорд Дарнли действительно ставил свою подпись. Мария просит Морея стать дядей для будущего ребенка. Также, она пишет письмо Елизавете, предлагая ей стать крестной матерью. После этого Мария запрещает Дарнли видится с ребенком и изгоняет его в отдельный дом. Совет королевы умоляет ее развестись, но она говорит, что не хочет быть той, которая постоянно женится и разводится. Этой же ночью организуется убийство лорда Дарнли.
Начинается переполох. Мария вынуждена оставить ребенка служанкам и бежать. Уже на следующее утро один из лордов приходит к королеве и говорит, что ей нужно жениться на шотландце. Он добавляет, что все уже решено, а главный кандидатом будет он сам. Мария не хочет, но у нее просто нет выбора. В это время проповедник еще больше настраивает людей против королевы, он утверждает, что она не только блудница, но и убийца собственного мужа. Морей и другие советники просят Марию отречься от престола, потому что страна не доверяет ей. После напряженного диалога брат и сестра остаются наедине. Морей еще раз просит Марии отречься, чтобы они могли стать семьей. Королева отвечает, что он держит сына в заложниках, и что они больше не семья. Мария отказывается от отречения.
В это время организуется тайная встреча между Елизаветой и Марией. Мария просит помочь вернуть свой трон, на что Елизавета отвечает, что она не может идти войной от имени католиков. Королева Англии подчеркивает, что здесь она в полной безопасности и ей ничего не угрожает. Мария говорит, что она самостоятельно вернется в Шотландию, и, если ее убьют, это будет вина Елизаветы. Она подчеркивает, что по факту, сестра убивает сестру. Елизавета приказывает заключить Марию в тюрьму Англии.
Несколько лет спустя Елизавета получает письмо, в котором говорится, что Мария сговорилась со своими врагами, чтобы убить ее. Она не знает, правда это или нет, но у нее нет другого выбора, как как казнить Марию. Елизавета плачет по своей сестре, в то время, как Мария идет к месту казни в ярко-красном платье. В своих последних мыслях она желает своему сыну Джеймсу всего наилучшего и надеется на мир во время его правления.
В финальных титрах зрителю сообщают, что после смерти Елизаветы в 1603 году, Джеймс стал первым монархом, который правил и Англией, и Шотландией.
