По сюжету продолжения франшизы быстрый синий ежик Соник из галактической цивилизации живет у семьи Вачовски и пытается помогать людям как самопровозглашенный герой, но из‑за опрометчивости у него не всегда получается. Том предлагает ему набраться терпения – и вскоре настоящий шанс проявить себя появляется.
Мэдди и Том уезжают на свадьбу сестры Мэдди – Рэйчел – на Гавайи, оставив Соника присматривать за домом. В это время на него нападают старый враг доктор Роботник и его новый приспешник – воин‑ехидна Наклз. Наклз требует раскрыть местонахождение Изумруда – древней реликвии, дающей абсолютную власть и способность изменять реальность. Соника спасает двухвостый лисенок Тейлз, который боготворит его.
Соник и Тейлз отправляются искать Изумруд по подсказкам на карте, оставленной покойным опекуном Соника – Длинным когтем. В храме в Сибири они находят компас, но сталкиваются с Роботником и Наклзом. Во время погони Наклз признается, что потерял свое племя в тот же день, когда Соник потерял Длинного когтя, – но все равно крадет компас вместе с Роботником. Позже Наклз начинает сомневаться в Роботнике: тот высмеивает Соника за то, что тот спасает раненого Тейлза вместо компаса. Затем на героев обрушивается лавина.
Том спасает Соника и Тейлза, телепортируя их на свадьбу с помощью кольца. Однако жених Рэйчел, Рэндалл, и гости оказываются агентами «Силы Защиты Наций» (G.U.N.) – они пытаются поймать Соника и Тейлза и арестовывают Тома. Мэдди и Рэйчел спасают троицу; Рэйчел примиряется с Рэндаллом, убедившись в искренности его чувств.
Тем временем Роботник и Наклз, стремясь к своей цели, находят подводный храм с Изумрудом. Соник, виня себя в травмах Тейлза, в одиночку идет в храм и сражается с Наклзом. Роботник захватывает артефакт, храм обрушивается и уходит под воду. Злодей предает Наклза и оставляет его с Соником. Герои спасают друг друга и сбегают – их вовремя подбирает пришедший в себя Тейлз на биплане.
В Грин-Хиллз Роботник создает гигантского робота, используя силы Изумруда. Соник, Тейлз и Наклз объединяются против него. В бою артефакт разбивается на семь кусков. Соник случайно превращается в супер-быстрого Супер‑Соника, уничтожает робота и возвращает себе обычный облик. Наклз восстанавливает Изумруд из осколков и заключает с Соником и Тейлзом договор – вместе защищать реликвию. Герои начинают мирную жизнь с Вачовски. Тем временем G.U.N. ищет Роботника. Его помощница Стоун маскируется под солдата, чтобы избежать поимки, и подслушивает разговор о «Проекте Тень».
