Сотрудники Департамента по чрезвычайным ситуациям наблюдают за приборами и фиксируют подземные толчки. Город сотрясает землетрясение, и на сушу из воды выходит огромный ящер. По ходу продвижения он разрушает только вышки электропередач, будто его цель - уничтожить источник энергии.
Восточное побережье Японии. Ученые, исследующие океанское дно на батискафе, находят каменную глыбу. Зарядившись светом прожекторов, она начинает подниматься на поверхность и, вынырнув, летит по направлению к Годзилле. Объект атакует Годзиллу струями пламени, ящер отвечает, но сраженный, падает на землю, а глыба возвращается в воду.
Очнувшись, Годзилла направился к ядерной станции. Осознав это, люди принимают решение остановить реакторы. Одновременно навстречу ящеру отправляют военных, чтобы перекрыть путь. Годзиллу обстреливают с танков, с самолетов, но его ничего не берет. Профессор биологии Синода изучает на компьютере фото кожи Годзиллы и понимает, что полная регенерация занимает у ящера 5 часов.
Каменная глыба в море начинает видоизменяться в стальную пирамиду. Объект вновь поднимается из воды и летит к городу, где опускается на крышу небоскреба, подмяв под себя несколько этажей. С компьютеров начинается несанкционированный сбор информации. Глава департамента ЧС отдает приказ сбить объект. На 51 этаже устанавливают бомбы.
Профессору Синода удается выяснить, что пришельцы хотят изменить атмосферу Земли и построить новую империю, но им нужна информация о регенерации, заложенная в Годзилле.
Здание взрывают, но объект остается невредим. Он летит к Годзилле, опутывает его световыми щупальцами и выкачивает регенерирующую субстанцию. Между Годзиллой и объектом начинается зрелищное сражение, в котором ящер одерживает верх.
Годзилла начинает приближаться к наблюдающим людям. Толпа в панике разбегается, но ящер разворачивается и уходит в океан.
Профессор Синода говорит, что люди сами породили этого монстра.
