После событий первой части Эйприл написала книгу о своем опыте столкновения с шаркнадо и теперь вместе с Фином летит в Нью-Йорк. При этом за бортом бушует шторм. Главный герой понимает, что его ждет повторение кошмара.
Самолет сталкивается с акулами и получает серьезные повреждения. Некоторые зубастые монстры сумели проникнуть внутрь. Пилоты погибли, однако Фину удалось самостоятельно посадить судно.
Центральный персонаж пытается предупредить людей об опасности, но его никто не слушает. Дело усугубляется тем, что Эйприл откусили руку и теперь ее ждет длительное восстановление. После этого Фин связывается со своей сестрой Эллен, которую планировал навестить.
Эллен сообщает, что ее муж Мартин и сын Вон отправились на бейсбол. А так как стадион прямо на реке, то они первые в зоне риска. Фин отправляется туда, где также встречает старых друзей Брайана и Скай.
Эвакуировавшись со стадиона, главный герой намерен отправится в отель, где его будут ждать Эллен и племянница Мора. В качестве средства побега группа выбрала поезд метро, однако тоннель затопило и акулы смогли до них добраться. Брайан погиб.
Вон смог найти стоп-кран и эвакуировать пассажиров. Выбравшись на поверхность, главный герой хочет разжиться оружием и материалами для самодельной бомбы, ведь в Лос-Анджелесе это сработало. Однако на Манхэттене так просто их не приобрести. Только благодаря таксисту Бену удается найти все, что нужно. Тем временем, Эйприл сбегает из больницы, чтобы помочь бывшему мужу.
Улицу затопило и Бен погибает. Остальные добираются до отеля. Эллен и Мора еще не прибыли, поэтому их остается только ждать. Фин и Скай решают подняться на крышу, чтобы уничтожить 2 торнадо, пока они не слились в один, более мощный.
Эллен и Море удается прибыть к отелю. План не сработал, а здание начинает затапливать. Эйприл удается спасти группу на угнанной пожарной машине. Тем временем по новостям, передают, что двойной шаркнадо намеревается слиться с еще одним. И если это случится, то Нью-Йорку настанет конец.
При поддержке мэра Нью-Йорка, главному герою удается укрыть своих родственников в безопасном месте и даже разжиться бензопилой. После этого он намерен остановить стихию. Скай вызывается сопровождать друга.
Поднявшись на крышу Эмпайр-стейт-билдинг, Фин планирует взорвать баллоны с фреоном. Также Эйприл сделала себе протез из циркулярной пилы, что позволяет ей убивать хищников еще эффективнее.
Чтобы план сработал, Скай была вынуждена пожертвовать собой. Ураган рассеивается. Жители Нью-Йорка берут оружие и начинают ликвидировать падающих акул.
Катастрофы удалось избежать. Фин снова предлагает Эйприл выйти за него замуж и получает согласие.
