После событий четвертой части Фин Шепард, Эйприл и малыш Гил отправляются в Лондон для участия в совещании НАТО, на котором будут обсуждать нарастающую угрозу акульего торнадо. Однако с главным героем связывается Нова и просит срочно найти ее в храме под Стоунхенджем.
Как оказалось, Нова нашла храм бога-акулы, в котором содержатся очень важные свидетельства. Шаркнадо случались и раньше, но люди побеждали кровожадных акул с помощью специальных доспехов.
Добыв ценный артефакт, храм начинает рушиться, а затем и вовсе образуется торнадо с временной воронкой. Фин спешит к Букингемскому дворцу, ведь его семья осталась там.
Пока центральный персонаж организует оборону, малыша Гила засасывает торнадо. К счастью, мальчик носит шлем с маячком, а потому Нова способна его найти. Дело осложняется тем, что ураган перемещается по всему миру.
С помощью специального дирижабля центральный персонаж, Нова и Эйприл пытаются найти ребенка, но терпят крушение в Швейцарии. Нужный торнадо их засасывает, но Гила поймать не удается. Вместо этого, воронка телепортирует героев в Австралию.
Эйприл получает тяжелые повреждения, потому Нове приходится отвезти ее в сестринское братство, помогающее бороться с акулами. Так Фин узнает, что его кузина Джемини также в нем состоит. Она занималась перевозкой ядерных отходов, но шаркнадо их поглотил.
Сестры смогли обновить кибернетическое тело Эйприл. Затем родители снова пытаются вытащить сына, но терпят неудачу и попадают в Бразилию. Найдя очередную сестру, центральные персонажи узнают о древней системе безопасности. Теперь им необходимо вернуться в Стоунхендж и положить найденный там камень на место.
Фин узнает, что с помощью артефакта можно самому вызывать шаркнадо. Однако его похищает преступник. Начинается погоня, которая приводит Шепардов в Италию. Вернув камень, супруги встречаются с самим Папой Римским.
Ядерные отходы сделали свое дело. Они образовали огромный пузырь из радиоактивных акул, который СМИ уже окрестили Шаркзиллой. Шепарды предпринимают еще одну попытку спасти сына, но и она оборачивается провалом. Так они попадают в Японию.
Тем временем Шаркзилла уже достигла Токио. Нова пытается помочь. В схватке с монстром она получила тяжелые ранения и вскоре умерла. Также погибает Мэтт, отстраивавший ферму отца. Фин в ужасе. Неужели после всего, через что они прошли, все должно закончится вот так?
Шепарды вызывают ураган и попадают в Египет, где находят древний механизм, способный поглощать энергию торнадо. Только вместо спасения мира от катастрофы, это образует глобальный шторм. Человечеству настает конец.
Тогда Эйприл сама поглощает энергию, тем самым жертвуя собой. От нее остается только голова. Фин начинает путешествовать по уничтоженному миру, пока не встречает... повзрослевшего Гила. Как оказалось, он научился использовать шарконадо в качестве машины времени и теперь намеревается все исправить.
