История разворачивается в Англии. 1951 год. Девочка Флавия Де Люс не по годам отважна и умна, а от своей матери Харриет унаследовала любовь к химии и приключениям.
Сейчас Харриет исчезла. А Флавия живет на отдаленном острове вместе с отцом Хэвиллэндом и двумя вредными старшими сестрами: Офелией и Дафной. Все меняется, когда семья получает зловещее послание.
На пороге дома главные герои обнаруживают мертвую птицу, а ее клюв был проткнут почтовой маркой «Черный пенни». Если кто и понял смысл послания, так это Хэвиллэнд, ведь он является опытным филателистом.
Ночью главная героиня намеревается отомстить сестрам за то, что утром заперли ее в шкафу. Неожиданно она слышит, как ее отца шантажирует неизвестный мужчина. И в ходе разговора они упоминают убийство.
Вскоре девочка обнаруживает, что шантажиста отравили. Прибывший инспектор Хьювит арестовывает Хэвиллэнда, ведь на него указывают улики. Флавия понимает, что обязана найти преступника, а потому начинает собственное расследование.
Первым делом нужно узнать, о каком убийстве упоминал Хэвиллэнд. Как оказалось, 30 лет назад при странных обстоятельствах погиб школьный учитель Гренвилл Тисдэйл. Перед смертью он сказал на латыни «Прощай». То же самое сделал и шантажист.
Затем девочка осматривает комнату, в которой остановился убитый. Там она находит птичье перо и две марки. В свою очередь библиотекарша мисс Моунджой сообщает, что настоящее имя шантажиста Хоранс Боунпенни. Женщина это знает, так как мистер Тисдейл был ее дядей, и она подозревает, что именно убитый вместе с Хэвиллэндом лишили ее родственника жизни.
Вскоре Флавия узнает, что в номере Хоранса она нашла «Оранжевого мстителя». Это очень редкая марка, похищенная из королевской коллекции. Хитростью главная героиня убеждает инспектора дать возможность поговорить с отцом.
Хэвиллэнд рассказывает, что в школе был неудачником, но мистер Тисдэйл оказывал ему огромную поддержку. Учитель даже основал клуб «Волшебный круг», чтобы помогать и другим ученикам. Хоранс также туда входил. Де Люс с ним подружился, ведь они оба увлекались филателией.
Сбором марок также занимался директор школы доктор Киссинг. У него был один уникальный экземпляр, который мальчишки мечтали увидеть. Это был «Оранжевый мститель». Но Хоранс ее украл вместе со своим новым другом Бобом Стэнли, а мистеру Тисдэйлу крепко досталось от руководства. Затем учитель сбросился с башни и в этом Де Люс винил себя.
Неделю назад Хоранс украл еще одного «Оранжевого мстителя», а затем шантажом пытался заставить Де Люса их купить. Впоследствии сыщица понимает, что настоящим убийцей является Боб, которого все считали погибшим. Именно он вместе с Хорансом устранил Тисдэйла, чтобы не возвращать украденное, а затем и избавился от сообщника.
В финале садовник семьи Артур Доггер помогает задержать убийцу. Хэвиллэнда оправдывают. Теперь Флавия пытается установить связь своей матери со шпионской организацией «Гнездо».
