Прошло пять лет после того, как трехголовый инопланетный монстр пробудил гигантских существ, известных как «Титаны», и был побежден японским кайдзю Годзиллой. Организация «Монарх» ведёт наблюдение за Конгом. Тот содержится под гигантским куполом на Острове Черепа, который охвачен штормом. Конга навещает Джиа – глухая падчерица специалиста по изучению Конга Айлин Эндрюс. Её мать Эндрюс опасается, что шторм поглотит остров, но боится переселять обезьяну-гиганта в другое место.
Берни Хейс, работник корпорации Apex Cybernetics и автор подкаста о Титанах, добывает данные, указывающие на подозрительную деятельность на объекте Apex в Пенсаколе. Годзилла атакует, и тогда Берни обнаруживает устройство, испускающее сигнал. Мэдисон Расселл, слушательница подкаста, зовёт своего друга Джоша Валентайна на помощь.
Глава Apex Уолтер Симмонс нанимает Нейтана Линда – бывшего ученого «Монарха» и сторонника теории о Полой Земле, чтобы тот возглавил экспедицию по поиску источника энергии в недрах планеты. Линд соглашается после того, как Уолтер сообщает, что Apex уже разработала летательные аппараты HEAV, способные выдерживать воздействие гравитационного поля.
Линд, Эндрюс и команда Apex во главе с дочерью Уолтера, Майей, отправляются на барже в сопровождении кораблей ВМС США. Годзилла атакует конвой и побеждает Конга в эпической схватке, но отступает, когда кораблям удается обманом заставить его поверить, что они уничтожены. Конга по воздуху доставляют к входу в Полую Землю.
Берни, Мэдисон и Джош тайно проникают на разрушенную базу корпорации «Апекс» и оказываются запертыми в транспортной капсуле, которая доставляет их в штаб-квартиру в Гонконг. Там они находят прототип Мехагодзиллы, управляемый телепатически Реном Серизавой, сыном покойного Исиро Серизавы. Уолтер хочет использовать энергию Полой Земли, чтобы решить проблему ограниченного энергоснабжения Мехагодзиллы.
В тронном зале своих древних предков Конг и команда находят светящийся топор, изготовленный из спинной пластины зверя. Почувствовав активацию Мехагодзиллы, кайдзю прибывает в Гонконг. Он пробивает своим дыханием сквозной туннель в земной коре. После того как Майя и команда Apex провоцируют Конга стрельбой, их корабль HEAV оказывается раздавленным гориллой. На поверхности Конг сражается с Годзиллой, но проигрывает.
Мэдисон, Джош и Берни попадают в руки охраны, и их доставляют к Уолтеру, который приказывает Рену активировать Мехагодзиллу. Чудовище убивает Уолтера, ранит Рена электрическим разрядом, атакует город и начинает одолевать Годзиллу. Линд возвращает умирающего Конга к жизни. Джиа убеждает гориллу помочь главному врагу, который находится на грани гибели. Когда Мехагодзилла начинает теснить обоих титанов, Джош выводит из строя систему управления робота. Годзилла заряжает топор Конга атомным дыханием, позволяя уничтожить Мехагодзиллу. Мэдисон, Берни и Джош воссоединяются с отцом Мэдисон, Марком, а Годзилла и Конг расходятся по разным сторонам.
Впоследствии организация «Монарх» создает наблюдательный пункт в Полой Земле, где теперь правит Конг.
