На базу Куантико в Вирджинии прибывают новобранцы. Специальный агент Лиам О’Коннор рассказывает им, что Академия ФБР – это самый жесткий учебный лагерь и аспирантура в одном флаконе. Среди кандидатов в агенты ФБР: красотка Алекс Пэриш, бруклинский хипстер Саймон Ашер, мормон Эрик Пакер, золотой мальчик Калеб Хаас, южная красавица Шелби Уайтт, носящая хиджаб Нима Амин и привлекательный Райан Бут, которому удается соблазнить Алекс еще до начала занятий. Некоторые из них выросли в семьях агентов ФБР, другие же стали жертвами террористических актов.
Независимо от причины того, почему они пошли в Академию ФБР, у каждого из кандидатов есть лишь один шанс на успешное прохождение обучения. Никому из них не делается никаких поблажек. Они тренируют навыки обращения с оружием, проходят испытания на физическую выносливость, а также обучаются тому, как правильно вести расследование. Их первым задание становится выяснение секретов о своих сокурсниках. В результате этого задания на поверхность всплывает гораздо больше правды, чем им бы всем хотелось. Одного из новобранцев эта проверка доводит до крайности, и все оборачивается трагедией.
Эта трагедия плохо отразится на преподавателе Лиаме и его подруге и боссе – Миранде Шоу, директоре «Куантико». Однако далее им приходится столкнуться с неожиданными и еще более шокирующими событиями – одного из учеников «Куантико» подозревают в причастности к организации самого жуткого теракта в Нью-Йорке со времен трагедии «9/11». Главной подозреваемой в подрыве «Гранд Централ» становится Алекс Пэриш. Ей приходится податься в бега, чтобы провести самостоятельное расследование, найти настоящих преступников и доказать собственную невиновность.
Во втором сезона Алекс увольняют из ФБР. В сценах воспоминаний показывают, как она работает под прикрытием ФБР, будучи новобранцем ЦРУ. Центром сюжета второго сезона становится саммит G-20 в Нью-Йорке, во время которого террористическая группировка «Фронт освобождения граждан» берет в заложники всех, кто присутствовал в здании проведения этого мероприятия. Райан Бут, который изначально был секретным агентом, подосланным в Куантико, чтобы следить за Алекс Пэриш, пройдя полную подготовку в ЦРУ, вступает в ряды «Фронта освобождения граждан». Также представителем этой же террористической организации становится Миранда Шоу, которую уволили из академии после рассекречивания информации по Райану Буту.
Спустя две недели после захвата заложников, Клэр Хаас вместе с директором ЦРУ Мэттью Кейзом формируют тайную группу из сотрудников ЦРУ и ФБР, чтобы выяснить личности восьми заговорщиков, тайно принимавших участие в захвате заложников во время саммита в Нью-Йорке. Во главе этой тайной группы встает Клэйтон Хаас.
