Япония. Вторая Мировая война. Мать мальчика Махито Маки погибает в пожаре. Его отец Сеити принимает решение переехать из Токио в сельскую местность, где начинает строительство своего авиационного завода.
Новой возлюбленной Сеити становится Нацуко, сестра погибшей жены. Мачеха хоть очень добра к мальчику, однако он все еще холоден к ней, так как сильно тоскует. Вскоре Махито идет в школу, но подрался в первый же день и в бессильной злобе разбивает себе голову камнем.
Сеити в ярости, однако сын отказывается называть имя обидчика. Отец принимает решение обучать сына на дому. Мальчик замечает странную говорящую цаплю. Она живет в заброшенной башне и утверждает, что его мать все еще жива.
Легенды о башне разнятся. Одни утверждают, что ее построил прадядя Нацуко. Другие, что он ее просто нашел. Но все они согласны, что мужчина использовал ее в качестве библиотеки и места для размышлений. Вскоре он исчез, оставив лишь одну недочитанную книгу. Потоп смыл вход и с тех пор это место находится в запустении.
Махито решает избавиться от надоедливой птицы. Для этого он изготавливает самодельный лук и стрелу, используя при этом седьмое маховое перо, его слабость. Нацуко исчезает. Вместе с одной из служанок, главный герой отправляется в башню, где одерживает победу над своим противником, который оказался человеком в особом костюме. Но таинственный хозяин этого существа приказывает ему с этого момента сопровождать ребенок, после чего переносит их в другой мир.
Главный герой знакомится с Кирико, хранительницей существ, именуемых вараварами и госпожой Хими, являющейся его матерью. Человек-цапля также находит Махито. Вместе они продолжают поиски Нацуко, но сталкиваются с армией голодных, агрессивных (хотя и не слишком умных) попугаев.
Центральные персонажи разделяются. Махито могли съесть, но его спасает Хими. Вместе они находят Нацуко, однако последняя намеревается родить в этом мире и отказывается уходить. Постепенно выясняется, что этот мир создал прадядя по договору с неким магическим камнем. Однако он слишком стар и больше не может поддерживать в нем жизнь. Ему нужен наследник по крови.
Махито приходит в себя в плену попугаев, но его спасает человек-цапля. Вместе они отправляются к прадяде. Тем временем король пернатых врагов доставляет Хими к прадяде. Она нарушила запрет и привела постороннего в родильницу. Однако старик на нее не сердится и соглашается отпустить с сыном.
Главный герой встречает прадядю и отказывается становиться его наследником. Король попугаев узнает, что его мир строится на магических фигурках и, не сумев собрать новую, в ярости разрубает, тем самым приговорив его к уничтожению. Персонажи спасаются и возвращаются в свою реальность. Но Хими не хочет идти с ними. Ей еще нужно вернуться в прошлое и стать для своего сына матерью.
Птицы параллельного мира также спасаются, хотя и превращаются в обычных. Башня разрушается. Фильм заканчивается тем, что человек-цапля прощается со своим напарником.
