Сюжет аниме «Ниндзя и якудза» (2025) разворачивается в мире, где уже более трехсот лет идет скрытая война между двумя силами — ниндзя и якудза. Этот конфликт уходит корнями в далекое прошлое, пережил смену эпох и государств, но остается неизменным: ниндзя уничтожают зло из тени, а якудза, или «гокудо», собирают вокруг себя изгоев общества и строят преступные империи. В центре истории молодой ниндзя Синоха Танака. В прошлом он пережил тяжелую психологическую травму, из-за которой утратил способность смеяться. Его жизнь подчинена строгому кодексу клана и миссии — бороться с преступным миром. Несмотря на холодность и отстраненность, глубоко внутри Синоха остается куда более человечным, чем может показаться на первый взгляд.
Кивами Кимуру на первый взгляд обычный офисный работник. Однако на самом деле он является харизматичным и опасным лидером якудза, скрывающим свою истинную сущность за маской успешного бизнесмена. Судьба сталкивает Синоху и Кивами совершенно случайно. Они знакомятся как обычные люди и неожиданно находят общий язык. Их объединяет интерес к аниме и простым человеческим разговорам. Между ними зарождается странная дружба, построенная на искренности, которой не хватает в их настоящих жизнях. Однако ни один из них не знает, кто на самом деле стоит перед ним.
Тем временем в городе начинает обостряться противостояние между ниндзя и гокудо. Организации с обеих сторон активизируются, устраивая кровавые столкновения, диверсии и показательные расправы. Синоха получает задания по ликвидации опасных преступников, постепенно приближаясь к верхушке якудза. Кивами, в свою очередь, укрепляет власть, устраняя конкурентов и подчиняя себе все больше людей.
Каждая сторона использует свои уникальные методы: ниндзя действуют скрытно, полагаясь на дисциплину и древние техники, тогда как якудза используют силу, технологии и психологическое давление. Постепенно конфликт приобретает все более масштабный и жестокий характер. Со временем правда начинает раскрываться. Синоха и Кивами узнают истинные личности друг друга. Их дружба рушится, уступая место неизбежному противостоянию. Осознание того, что человек, которому ты доверял, является твоим заклятым врагом, ломает все.