Действие сюжета сериала «Принцесса Немёртвых: Чёрная хроника» начинается спустя полгода после событий произошедших в сериале «Принцесса Немёртвых: Красная хроника». В начале первой серии монаху Садахиро и его спутнице Акире Тоока поручают проверить принцессу немертвых Макину Хосимуру, подопечную Тагами Кэисэя. Заказчик хочет, чтобы они проверили ее на предмет возможности очищения, и если это невозможно, то убили ее.
Большая медведица хочет напасть при помощи своей новой игрушки на главный храм школы Кагон, где как раз и находится интересующая их Хосимура. Для этого они планируют использовать монаха-предателя Акаса.
В главный храм Кагон пытаются проникнуть Рики и ее напарница Саки. Они недовольны, что Макину держат там уже полгода. Их не пускает монахи во главе с Кураи, которого назначили наблюдателем за Хосимурой. В итоге напарницы все равно проникают внутрь. Они видят связанную Макину, которую окружают призраки, питающиеся из ее ран. Саки вступает с ними в бой, но в этот момент появляется Камика Тодороки и вытаскивает всех из храма.
Камика и ее спутник объясняет, что внутри Макины течет отравленная руна Кэисэя, которой и питаются призраки. Единственная надежда на спасения Хосимуры была руна нового проводника Ори Кагами, названного брата Тагами, но юноша еще был не готов взять на себя такую великую ответственность. Все это слышала Флэш – подопечная Канэтика Умэхара.
В следующей сцене две девушки обсуждают пропажу Ори, которого не было дома уже полгода. Сам Ори продолжал учиться, чтобы стать проводником, но пока у него плохо получается. Его учителями стали Умехара и Такамаса. Они учат его искать связь с кроликом и в попытке поймать его, парень натыкается на Флэш.
Ори выясняет от Такамасы, что у Умехары две принцессы и это очень сложно потому что расходуется много руны. Герой вспомнил, как Макина одна потратила всю его руну. Вскоре Такамасы рассказывает всем о ситуации с Макиной о которой узнал от Флэш.
Акаси пытается проникнуть в храм с игрушкой Большой медведицы. Он убивает монахов, но его пытаются остановить Садахиро и Акире. Монах превращается в нежить и нападает на Макину. В этот момент появляется Ори и предлагает свою руну. Принцесса принимает ее и освобождается от уз. В финале первой серии она убивает нежить и просит прощения за смерть своего наставника.
