История разворачивается вокруг художника Джеймса Сандерленда. В прошлом по его вине девушка по имени Мэри опоздала на автобус и не смогла покинуть свой родной город Сайлент Хилл. После знакомства, между молодыми людьми начал развиваться роман и они стали вместе проживать в этом населенном пункте.
В настоящем времени центральный персонаж расстался с Мэри, переехал и начал страдать от алкогольной зависимости, так как не смог смириться с фактом разрыва отношений. Но получив от бывшей возлюбленной письмо, Джеймс немедленно возвращается в Сайлент Хилл.
Прибыв в место назначения, главный герой обнаружил, что он изменился. Некогда приятный город теперь окутан туманом и пеплом, а из жителей практически никого не осталось, так как многие умерли в результате таинственной болезни. На кладбище удается познакомиться лишь с некой Анджелой.
Вскоре Джеймс подвергается нападению монстра. А когда завыли сирены, Сайлент Хилл и вовсе преобразился в искаженную и жуткую версию самого себя. Но главный герой продолжает поиски и направляется в многоквартирный дом Вуд-Сайдс, где когда-то жил с возлюбленной. Там он встречает психически неуравновешенного мужчину по имени Эдди и девочку Лору.
На Джеймса нападает жуткое существо, известное как Пирамидоголовый. Сумев спастись, он узнает, что Мэри необходимо искать в больнице Брукхейвен. В ходе поисков происходит знакомство с Марией, которая похожа на Мэри как две капли воды.
Параллельно с этим выясняется, то Мэри состояла в культе, созданный ее отцом. Узнав правду, главный герой испугался и поспешил с ней расстаться. Постепенно становится ясно, что девушка на самом деле умерла спустя несколько месяцев после расставания, но Джеймс отказался принимать реальность. Вместо этого он стал одержим идеей ее спасения.
Осознав, что Мария не является настоящей, главный герой позволяет Пирамидоголовому ее убить. Затем ему удается добраться до отеля «Лейквью», где он часто отдыхал с возлюбленной. И как оказалось, Анджела и Лора также являются ожившими чертами личности Мэри.
Затем Джеймс вспоминает, что несколько месяцев назад вернулся в город. Его возлюбленная к этому моменту была при смерти, а потому попросила мужчину избавить ее от страданий. И Сандерленд исполнил просьбу.
В настоящем центральный персонаж оказывается на крыше отеля, где перед ним предстает монструозная версия его бывшей девушки. Он просит у нее прощения и она становится обычным телом Мэри. Сломленный мужчина кладет труп в свою машину и направляется в сторону озера с целью утопиться.
Однако финал оказался счастливым. Джеймс возвращается в прошлое, в момент знакомства с Мэри, только теперь он не остается в Сайлент Хилле, а уезжает вместе с ней.
