В единственном городе, оставшемся на Земле после эпидемии смертельного вируса, правит семейный клан Гудчайлдов, чьи предки когда-то изобрели вакцину, позволившую сохранить живыми часть людей и подчинить их своей воле. Режим жесток и тоталитарен, поэтому в городе существует сопротивление – инакомыслящие, пытающиеся бороться с узурпаторами и называющие себя мониканцами. Одна из них – Эон Флакс, девушка с грацией кошки, сердцем бунтаря и навыками диверсанта. Выполняя задание, по возвращении домой она обнаруживает, что ее сестра убита, а друг арестован. Разъяренная Эон отправляется на осуществление новой миссии для устранения в здании форума Тревора Гудчайлда, лидера действующей власти. Однако встреча с ним лицом к лицу внезапно вызывает у девушки ряд воспоминаний и приводит ее в замешательство. Бунтарку обезоруживают и направляют в тюрьму, откуда она скоро убегает. Вновь нахлынувшие видения при повторной встрече Эон с Тревором полностью дезориентируют девушку: придя в себя, она обнаруживает, что находится в постели со своей жертвой. Выясняется, что план покушения был разработан Ореном Гудчайлдом, младшим из клана, который связан с мониканцами и стремится возглавить существующий режим. Тревор же рассказывает Эон историю создания вакцины: она делает людей бесплодными, поэтому Гудчайлды клонируют их и друг друга, укрепляя свою власть и накапливая знания. Побочным же действием многократного клонирования являются те самые видения – воспоминания из прошлой жизни, где Эон и Тревор были супругами. Но женщины в городе вновь обрели способность беременеть, и Орен боится потерять свое всесилие. Обретя друг друга, Тревор и Эон побеждают его и возвращают людям обновленную природу, разрушая стены города, скрывавшие ее.
