Испания Эпохи Возрождения. Два удачливых испанских афериста Тулио и Мигель играют на деньги с помощью специально утяжелённых кубиков (как бы ты ни бросал, всегда будет выпадать одно и то же количество очков). Во время очередной партии друзья выигрывают карту, ведущую к легендарному золотому городу Эльдорадо. Когда у Тулио из жилетки случайно выпадают те самые утяжеленные кубики, благодаря которым он и Мигель нечестно выигрывали, их разоблачают моряки, с которыми они играли, и жулики сбегают в бочках с огурцами, случайно угодив на корабль знаменитого конкистадора Эрнана Кортеса. Обнаружив их, Кортес решает отправить безбилетников на кубинскую сахарную плантацию в качестве рабов. Но они сбегают благодаря яблоку и Альтиво, коню Кортеса, забрав его с собой.
Проплыв по океану на угнанной шлюпке, они попадают на побережье Мезоамерики. Мигель обнаруживает, что местность сходится с их картой, но Тулио не верит ему, тем не менее, пройдя сквозь джунгли, следуя карте, они находят легендарный город Эльдорадо, расположенный в долине, вход в которую скрыт за водопадом и огромной пещерой. Там их принимают за давно ожидаемых богов, и в этот самый момент активизируется вулкан, но героям снова везёт и вулкан сразу тухнет, что убеждает жителей Эльдорадо в их божественном происхождении. Местная девушка Чель их разоблачает, но обещает хранить этот секрет, если они заберут её с собой в Испанию. Друзья соглашаются.
Когда они играют в древнюю игру с мячом, придуманную богами (по мнению местных жителей), они никак не могут выиграть, потому что они не боги. Но все налаживается, когда их знакомая Чель бросает им броненосца (которого, кстати, зовут Бибо в честь одного из режиссёров мультфильма), который и помогает им выиграть. Когда же верховный жрец Цекель-Кан, одержимый религиозными обычаями, предлагает им принести в жертву команду проигравших, Мигель в качестве бога прогоняет Цекель-Кана из города, но последний замечает у Мигеля на лбу кровь, и он понимает, что Мигель и Тулио никакие не боги, потому что, как сказал сам жрец, у богов нет крови.
Жрец при помощи чёрной магии оживляет и управляет гигантской статуей Ягуара и пытается убить аферистов, но последние загоняют Цекель-Кана и статую в водоворот, который жители города считали выходом в мир духов Шибальбу. Позже, когда Мигель случайно слышит конец разговора Тулио с Чель, что Мигель ему не нужен, и видит их поцелуй, в его с Тулио отношениях наступает разлад и он решает остаться в Эльдорадо в качестве бога, а Тулио решает покинуть город с наполненным кораблём золота и Чель. Однако, Цекель-Кан выживает и его находит Кортес, которого жрец принимает за настоящего Бога (предположительно, войны и смерти) из своих древних книг. Кортес, увидев золотые серьги жреца приказал ему провести его в город или тот будет убит.
Во время проводов Тулио, Альтиво замечает дым в джунглях и указывает на это героям. В тот же момент разведчик вождя Танни говорит, что к городу идут чужеземцы, ведомые Цекель-Каном. Осознавая, что защитники города не выстоят, Тулио решает разбить корабль об удерживающие свод колонны в пещере и преградить путь конкистадорам. Сообщив свой план вождю и Мигелю, Тулио ставит свой корабль возле водонапорных башен, которые рушат жители города, чтобы вызвать волну, разгоняющую корабль для удара, но парус заклинивает и корабль может быть раздавлен. Мигель, оседлав Альтиво, скачет другу на помощь и совершает прыжок с коня, хватаясь за канат и открывает парус, а вождь замечает полёт Бога в солнечном свете и вновь убеждается, что Мигель — бог. Корабль минует башни и ловит волну от их падения. Проплыв на огромной волне, Тулио разворачивает корабль и на большой скорости врезается в колонны. Героев (Тулио, Мигеля, Чель и Альтиво) выбрасывает ударом с корабля за водопад, а проход в город полностью разрушается.
Спрятавшись за камни, они видят, что Кортес с армией и Цекель-Каном подходят к водопаду, но вместо прохода обнаруживают лишь каменную стену. Жрец осознаёт, что для него всё кончено и его уводят вслед за уходящими конкистадорами, но он замечает машущую ему Чель и понимает, что это дело лже-богов. В итоге, Тулио жалеет о потерянном золоте (правда лишь пару секунд, а от его слов Альтиво опускает копыта с золотыми подковами), и вся троица отправляется на встречу путешествиям (при этом Тулио и Мигель догоняют Чель, уехавшую вперёд на Альтиво).
