Когда-то дед ученого Майло Тэтча увлекался поисками Атлантиды. Теперь за окном 1914 год, и внук надеется осуществить мечту предка. Майло следит за бойлером в Вашингтонском музее и готовится к экспедиции. Однако научное сообщество не верит в его планы, а потому не выделяет средства.
Неожиданная поддержка приходит от друга семьи - мистера Уитмора. Много лет назад он пообещал финансировать экспедицию. И вот такой момент настал. На поиски Атлантиды формируется солидная команда, в которую входят капитан Рурк, лейтенант Хельга Синклер, главный механик Одри Рамирес, врач Джошуа Миляга, пиротехник Винченцо Санторини, повар Джебедая Фарнсворт Кекс, геолог Гаэтан Мольер Крот и специалист по связи Вильгельмина Пэкард. Майло планирует отправиться в плаванье в качестве специалиста по древним языкам.
Огромная паровая субмарина спускается на воду, и путешествие стартует. Проходит некоторое время, и на субмарину нападает огромный ракообразный робот Левиафан, созданный стражами Атлантиды. Некоторым членам экипажа удается спастись на мини-субмаринах. Высадившись в гроте, члены экспедиции дают себе передышку, после чего продолжают поиски Атлантиды с помощью дневника деда Майло. В ходе приключений потеряна тяжелая техника, но в конце концов древний город найден.
Рурк с подчиненными представлен правителю Атлантиды. Тот не доверяет пришельцам и разрешает остаться всего на один день. Дочь короля Кинда и Майло находят общий язык, между ними возникает симпатия. Девушка знакомит нового друга с городом и рассказывает, что атланты давно потеряли ключ к расшифровке древних текстов, поэтому эксплуатация старых летательных аппаратов им недоступна. Майло как лингвист помогает Кинде расшифровать некоторые тексты и раскрывает ей тайну главного источника энергии атлантов - огромного кристалла, который мечтает захватить Рурк с целью продажи.
Вероломству Рурка нет предела - со своими солдатами он врывается в королевский дворец, берет в плен Кинду и Майло и убивает правителя. Перед смертью король просит Майло спасти дочь и кристалл, ведь без него стране грозит тьма. Майло вместе с атлантами дает бой отряду Рурка внутри вулкана. Во время битвы начинается извержение вулкана. Рурк уничтожен, кристалл спасен, но теперь нужно восстановить территорию. Поэтому Майло отправляет друзей на землю, а сам остается отстраивать город.
