Станция Kepler, что ради добычи ценных и полезных ресурсов построена корпорацией Tian Industries на дне Марианской впадины, подвергается частичному разрушению от воздействия мощного землетрясения. Нора Прайс, являющаяся инженером-механиком и её коллега Родриго покидают затопленную и разрушенную зону, впоследствии временно оградив не повреждённые участки станции от наступающего напора воды. Нора и Родриго спасают Пола, вместе им удаётся укрыться в доке. Трио кооперируется с капитаном Люсьеном. Команда достигает контрольной базы и находит биолога Эмили Хавершем и инженера Лиама Смита, которые тщетно пытаются установить контакт с поверхностью. Люсьен предлагает идею — надеть скафандры, способные выдерживать высокое давление, с целью продвинуться по дну океана до станции Roebuck, откуда, возможно, получится безопасно попасть на поверхность. Когда команда начинает выходить из станции используя грузовой лифт, выясняется, что шлем Родриго неисправен. Шлем Родриго трескается от давления и в буквальном смысле происходит взрыв. От разрыва головы Родриго погибает мгновенно. Оставшиеся в живых замечают сигнальный маячок бедствия, исходящий от одной из спасательных капсул. Смит и Пол идут исследовать территорию, откуда был принят сигнал. Когда Смит и Пол прибывают к месту, выживших они не видят, на месте только труп. Пол осматривает тело, резко из покойного выпрыгивает неопознанное существо, судя по всему — детёныш существа покрупнее. С помощью болтового пистолета Смит стреляет в существо и убивает его. Смит и Пол берут убитое существо с собой. В безопасной зоне изучая тело существа, Хавершем устанавливает, что оно действительно является частью ранее невиданного человечеством вида.
Пятеро выживших продолжают продвигаться к станции Roebuck, но когда они идут, станция Kepler взрывается, в результате чего герои попадают под град обломков. Смит оказывается поражён обломками, но Норе и остальным удалось его спасти. Выжившим с трудом удаётся пройти через тоннель доступа к промежуточной станции. Они подзаряжают и чистят свои скафандры. В пути на Пола нападает неизвестное существо, и тащит его под воду, по итогу убивая. Перед тем, как покинуть тоннель доступа, команда выживших обнаруживает, что кислородная капсула Смита повреждена, и он может задохнуться токсичными парами от взрыва. Не желая, чтобы ещё один представитель их команды погиб, Нора, Люсьен и Хавершем решают эту проблему и помогают ему передвигаться. Команда продвигается по дну океана, им препятствует гуманоидное существо, тянущее Смита в пещеру. Люсьену удаётся вызволить Смита, но затем сам он подвергается атаке гуманоидного существа, что тянет его к поверхности. Нора цепляется за Люсьена, но Люсьен жертвует собой, чтобы Нора могла избежать неминуемой смерти от перепада давления. Нора оказывается на заброшенной станции Shepard. Нора выясняет, что Люсьен работал в данном месте ранее, и мог быть в курсе относительно существ. Также выясняется, что дочь Люсьена, которую он упоминал ранее, умерла много лет назад.
Нора пытается наладить связь со Смитом и Хавершем, но безрезультативно. Затем она заполучает новый скафандр и покидает станцию Shepard, продолжая двигаться к Roebuck. Идя вдоль дна океана, Нора воссоединяется с Хавершем, которая тащит Смита к станции Roebuck. Нора помогает Хавершем и Смиту. Когда герои подходят к станции, они замечают, что с потолка свисает множество гуманоидных существ, что обосновали здесь себе гнездо. Нора просит Хавершем не издавать ни звука и никак не шуметь, дабы спокойно пройти мимо гнезда, но скафандр Хавершем, из-за недостатка кислорода, начинает громко сигнализировать. Одно из существ от этого пробуждается и атакует героев. Нора оказывается частично проглочена существом, но при помощи пушки ей удаётся убить его и вырваться на свободу. Прежде чем больше существ сможет пробудиться, объявляется огромное по-настоящему исполинское существо Ктулху. Хавершем спасает Нору, и они проникают на Roebuck. На станции оставшиеся трое добираются до отсека со спасательными капсулами, но Нора обнаруживает, что только две из них исправны, а третья же повреждена и непригодна для использования. Нора и Хавершем садят в первую капсулу раненого Смита, далее Нора убеждает Хавершем поскорее воспользоваться оставшейся капсулой.
Ктулху, как оказалось — ответственный за нападение и уничтожение Kepler, появляется рядом с Roebuck в окружении ещё большего количества гуманоидных существ. Существа начинают следовать за двумя спасательными капсулами со Смитом и Хавершем, в то время как Ктулху готовится разрушить станцию Roebuck. Нора, зная, что ей уже не выбраться со станции, поднимает энерго-уровни основных двигателей так, что они взрываются, убивая всех существ (хотя судьба Ктулху не такая очевидная, как может показаться на первый взгляд), разрушая станцию и позволяя спасательным капсулам достигнуть поверхности. Фильм заканчивается демонстрацией газетных статей с описываемой в них корпорацией Tian Industries и её успешных попыток скрыть инцидент, который включает в себя показания Хавершем и Смита.
