По поведению Беллатрисы Лестрейндж Гарри догадывается, что ещё один крестраж может храниться в банке «Гринготтс», в сейфе Лестрейнджей, а затем ведёт беседу с мастером Олливандером. С помощью спасённого гоблина Крюкохвата главные герои проникают в банк, похищают крестраж, оказавшийся чашей Пенелопы Пуффендуй, и успешно скрываются с помощью дракона-стража банковского хранилища (украинского железнобрюха). Гоблин, предавший их, в итоге гибнет от руки Тёмного Лорда, а меч Гриффиндора исчезает.
Следующий крестраж, предположительно, спрятан в Хогвартсе. Гарри, Рон и Гермиона трансгрессируют в Хогсмид, где брат покойного профессора Дамблдора, Аберфорт, укрывает их от облавы и помогает попасть в замок через тайный ход. Профессор Северус Снегг, новый директор школы, собирает всех в Большом зале и требует выдать Гарри, угрожая наказанием. Последний открыто бросает вызов профессору Снеггу, а большинство учеников и учителей, кроме слизеринцев во главе с Пэнси Паркинсон, под руководством профессора Макгонагалл, встают на сторону Гарри. Профессор Снегг после поединка с Минервой Макгонагалл бежит, а слизеринцев отправляют в подземелья.
Армия лорда Волан-де-Морта собирается в Запретном лесу и готова атаковать Хогвартс, хотя сама школа оказывается под защитой магических заклинаний, наложенных профессором Макгонагалл и другими. Ночью с атаки егерей во главе с Струпьяром на школу начинается бой. Тем временем Рон и Гермиона спускаются в Тайную комнату, отламывают клык василиска (яд ещё сохранился) и уничтожают крестраж в чаше (после этого они совершают первый поцелуй), а Гарри с помощью призрака Серой Дамы (она же Елена Когтевран, дочь Кандиды) находит следующий крестраж (диадему Кандиды Когтевран) в Выручай-комнате. Внезапно появляются Драко Малфой, Грегори Гойл и Блейз Забини. Гойл намерен убить Гарри и вызывает Адское пламя, но оно выходит из-под контроля и пожирает всю Выручай-комнату, а сам Гойл гибнет.
Гарри успевает спасти Малфоя, а Рон и Гермиона — Забини. Они вылетают из Выручай-комнаты на мётлах и Гарри уничтожает крестраж из диадемы при помощи прихваченного Гермионой клыка василиска, а для пущей уверенности в полном уничтожении крестража, Рон пинком посылает диадему в охваченную Адским пламенем Выручай-комнату, двери которой сразу закрываются. Битва за Хогвартс приостанавливается, и Волан-де-Морт обещает никого больше не трогать, если Гарри сам явится к нему, в Запретный лес. Он вызывает к себе Снегга и сообщает ему, что Бузинная палочка, которую он забрал из могилы Дамблдора, не слушается его. А поскольку Снегг убил Дамблдора, значит, именно Снегг — настоящий владелец Бузинной палочки.
Из этого следует, что Волан-де-Морт, чтобы стать полноправным владельцем Бузинной палочки, должен убить Снегга, что он и делает с помощью змеи Нагайны. Гарри с друзьями, подоспевшие к умирающему профессору, собирают в пробирку его воспоминания. Во время битвы погибают Фред Уизли, Римус Люпин и ещё 50 человек. Кроме того, в Тайной комнате Рон и Гермиона признаются друг другу в любви, совершив поцелуй.
Из воспоминаний профессора Снегга Гарри узнаёт, что профессор Дамблдор был при смерти из-за неисцелимого заклятья в кольце Марволо Мракса, и профессор Снегг убил его по его же просьбе. Северус с детства безумно любил мать Гарри, Лили Эванс, поэтому он помогал профессору Дамблдору и по его просьбе охранял Гарри. Но в момент нападения на Поттеров в Годриковой впадине Тёмный Лорд случайно оставил часть своей души в Гарри (другими словами, Гарри сам является крестражем, о котором Волан-де-Морт даже не подозревает), и теперь, чтобы Волан-де-Морт стал уязвим, Гарри должен умереть от его руки. Именно к этому финалу профессор Дамблдор вёл Гарри.
Гарри прощается с друзьями и отправляется в Запретный лес. По дороге он достаёт снитч, завещанный профессором Дамблдором, открывает его и находит там Воскрешающий камень, получив возможность повидаться с родителями и умершими друзьями. Как только Гарри выходит на поляну, где расположился Волан-де-Морт, тот, недолго размышляя, произносит убивающее заклинание «Авада Кедавра», и Гарри падает на землю. Он приходит в себя в освещённом месте, похожем на вокзал «Кингс-Кросс» (только он чище и без поездов). Под белоснежной лавочкой он видит существо, похожее на уродливого младенца — ту часть души Волан-де-Морта, которая погибла вместе с ним.
Гарри встречает профессора Дамблдора и в коротком разговоре с ним узнаёт, что может сам выбрать свою дальнейшую судьбу. В его силах «отправиться дальше», в своё посмертие, но при желании он может вернуться к жизни и тем самым спасти многих людей. Он выбирает второе. Гарри считают мёртвым, и Волан-де-Морт приказывает Нарциссе Малфой убедиться в этом. Она понимает, что Гарри жив, но сообщает Тёмному Лорду обратное. Схваченный Пожирателями смерти Хагрид вместе с войском Волан-де-Морта несёт тело Гарри в Хогвартс, где их встречает толпа выживших. Лорд Волан-де-Морт предлагает прекратить сопротивление и перейти на его сторону. Раненый Невилл отвечает, что смерть Гарри не имеет значения — они будут драться до победного конца.
В это время сам Гарри неожиданно для Волан-де-Морта «оживает» на руках у Хагрида и вступает в бой. Многие Пожиратели, потерявшие веру в своего повелителя (в том числе и семейство Малфоев), спасаются бегством. Защитники Хогвартса сражаются со сторонниками Волан-де-Морта, а сам он охотится за Поттером. Рон и Гермиона, в свою очередь, ищут змею Нагайну. В ходе битвы Беллатриса чуть не убивает Джинни, за что с ней вступает в дуэль миссис Уизли. Она уничтожает самую верную приспешницу Волан-де-Морта.
Нагайну убивает мечом Гриффиндора Невилл, после чего Волан-де-Морт вступает в финальную дуэль с Гарри в полуразрушенном дворе. В решающий момент Бузинная палочка отказывается убивать Гарри Поттера: заклинания обоих противников бьют в Волан-де-Морта. Будучи уже уязвимым после потери всех крестражей, он гибнет и рассыпается в прах, который развеивает ветер. Вторая магическая война окончена.
Бузинная палочка достаётся Гарри. Последний вспоминает, что Дамблдор перед смертью в ту ночь в Астрономической башне Хогвартса был обезоружен Драко Малфоем и с этого момента Бузинная палочка слушалась его, пока однажды Гарри сам не обезоружил Драко в особняке Малфоев. Это значит, что настоящим владельцем Бузинной палочки является Гарри, а не профессор Снегг, как полагал Волан-де-Морт. Но Гарри, не желая владеть Бузинной палочкой и боясь, что она может причинить ещё больше проблем, ломает её и выбрасывает в пропасть.
19 лет спустя Гарри и Джинни, Рон и Гермиона, а также Драко со своей женой Асторией отправляют уже своих детей в Хогвартс.
