Девушка по имени Багс вместе с напарниками находится в модальной программе, где наблюдает за новой версией Тринити, воспроизводящей начало первого фильма трилогии «Матрица». Повторяя прошлое, Тринити вновь убегает от преследующих её агентов, пока Багс идёт за ними по пятам. Шаблон рушится в тот момент, когда агенты замечают саму Багс и начинают преследовать уже её. Спрятавшись в ближайшей лавке, Багс попадает в руки программы по имени Смит, которая укрывает героиню в квартире Томаса Андерсона, более известного миру под именем Нео. Смит признаётся девушке, что в последнее время он осознал нереальность мира вокруг, а его главной целью стал поиск Нео. Багс понимает, что перед ней стоит программа, воплощающая Морфеуса, и предлагает ему выбор из двух таблеток – синей, что позволит вернуться к обычной жизни, и красной, что позволит выбраться из этой симуляции. Морфеус выбирает правду, и они вдвоём сбегают через окно в настоящий мир.
Тем временем Томас Андерсон наблюдает за модальной симуляцией, запущенной на своём компьютере. Томас – выдающийся гейм-дизайнер, некогда создавший под руководством своего бизнес-партнёра Смита популярную игру «Матрица», основанную на собственных размытых воспоминаниях о прошлом. Часто одинокий Андерсон заходит в ближайшую кофейню, где видит похожую на Тринити женщину по имени Тиффани. Босс Томаса сообщает герою, что компания решила создать четвёртую часть его нашумевшей игры. В беседе с партнёром Томас видит, как со Смитом происходит нечто странное. Это связано с тем, что Андерсон постоянно путается в происходящем, зачастую думая, что события матрицы реальнее, чем кажутся. Чтобы избавиться от этих мыслей, Андерсон ходит на консультации к психоаналитику, который убеждает Томаса в ошибочности подобных суждений и прописывает ему синие таблетки, призванные вернуть героя в «реальность».
Томас, решивший отказаться от приёма таблеток, продолжает заниматься разработкой новой игры и начинает общаться с Тиффани ближе. Однажды ему на телефон приходит сообщение о встрече, на которой новый Морфеус даёт герою понять, что он всё ещё находится в симуляции. Вновь засомневавшись в реальности увиденного, Томас планирует спрыгнуть с крыши, но его останавливает Багс. На деле оказывается, что именно Нео пробудил девушку от сна, и она вместе с командой отследила его сигнал в реальном мире, чтобы вытащить героя из капсулы. Багс объясняет, что машины прятали Андерсона в этом мире ото всех, изменив герою внешность и держа его в неведении. Вместе с Багс и командой Томас сбегает из матрицы.
В реальности Нео вновь просыпается в капсуле, расположенной в городе машин. В этот раз она находится в отдельном помещении и напротив неё в такой же ячейке лежит подключённая к матрице Тринити. К Нео подлетают две машины и тайно проносят его через весь город к кораблю Багс, направляющегося в новое убежище людей под названием Ио, лидером которого является постаревшая Найоби. Нео узнаёт, что в реальности прошло 30 лет и многое изменилось: некоторые из машин теперь работают сообща с людьми, а программы с помощью экзоморфных частиц могут существовать в реальности. В Ио Найоби объясняет, что машины развязали гражданскую войну, а на смену старому правительству пришло новое, которое оставило попытки уничтожить людей на данный момент. Нео рассказывает старой знакомой о своих планах вернуться обратно для спасения оставшейся в заложниках Тринити. Найоби приказывает страже задержать Томаса, чтобы не позволить ему вызвать повторение судьбы Зиона, однако Багс помогает герою сбежать и отправиться исполнять задуманное.
Нео и Багс с командой возвращаются в матрицу. Там они встречаются с новой версией агента Смита, который играл роль бизнес-партнёра Томаса, и программами-изгоями под руководством Мировингена, мечтающими вернуть матрицу в изначальное состояние. В последующей драке Нео, восстановивший свои уникальные способности, побеждает Смита, после чего они наконец находят Тиффани. Нео не успевает рассказать героине правду, поскольку его прерывает психотерапевт, который оказывается контролирующей программой под названием Аналитик, пришедшей на смену Архитектору в новой матрице. Он рассказывает, что после смерти ему удалось восстановить Тринити и Нео. В процессе их изучения он понял, что, если подавливать воспоминания героев и держать пару на нужном расстоянии друг от друга, то связь влюблённых может сделать матрицу намного сильнее. Однако высвобождение Нео дестабилизирует систему и в итоге может привести к её полной перезагрузке со стороны машин. Поэтому Аналитик обещает убить Тринити, если Нео не вернётся обратно.
Томас и команда возвращаются в реальный мир, где их уже поджидает корабль с Ио, чтобы вернуть беглецов. После серьёзного выговора Найоби ведёт Нео с Багс к Сати – программе, с которой Нео встречался ранее во время событий оригинальной трилогии. Сати, мечтающая отомстить машинам за гибель родителей, помогает героем придумать план по спасению Тринити. Пока Багс с командой отсоединяют Тринити от её капсулы в городе машин, внутри матрицы Нео встречается с Аналитиком. Андерсон просит позволить ему рассказать правду Тринити и дать ей выбор – вернуться с ним или же остаться в этом мире. Во время беседы Нео и Тиффани появляется виртуальная семья женщины, убеждающая героиню остаться здесь, но в последний момент женщина всё-таки соглашается убежать с Нео. Аналитик пытается убить героев, однако выполнить задуманное ему мешает Смит. Начинается погоня, в результате которой Нео и Тринити оказываются на крыше. Не видя иного выхода, они прыгают со здания. Выясняется, что вместо Нео способностью летать теперь обладает Тринити, которая и уносит возлюбленного прочь. Герои просыпаются в реальности и впервые прикасаются друг к другу спустя долгие годы.
В эпилоге пара возвращается в матрицу на беседу с Аналитиком, сообщая ему, что они переделают систему уже исходя из собственных желаний.
Отзывы