В 1999 году на Филиппинах в пещере найден скелет огромного неизвестного существа и совсем свежий след, уходящий в море.
На АЭС недалеко от Токио происходит землетрясение, в котором гибнет жена инженера Джо Броуди.
год. Взрослый сын Джо летит в Токио, узнать, зачем отец нарушил карантинную зону вокруг разрушенной АЭС. Джо убеждает Форда, что землетрясение было вызвано неким живым существом. Вместе они пробираются на станцию, где приборы показывают отсутствие радиации, чтобы собрать подтверждения теории Джо.
Их обнаруживают и привозят на неизвестную базу, где доктор Итиро Сэридзава исследует кокон, излучающий электромагнитные импульсы. Существо внутри проявляет повышенную активность и его пытаются уничтожить, но монстр вырывается наружу, громит лабораторию и улетает. Ученые понимают, что вылупившийся кайдзю питается радиацией.
Джо погибает от ран, а Форд продолжает сотрудничать с учеными и военными, взявшими проект под свой контроль. Проанализировав исследования Джо, они понимают, что кайдзю кого-то подзывает. Также они понимают, что появление кайдзю пробудит его давнего врага – Годзиллу.
Военные обнаруживают кайдзю в районе Гавайи, где тот захватил русскую атомную подлодку. После продолжительной схватки, кайдзю направляется к берегу. Скоро из воды, вызвав мощное цунами, появляется Годзилла. Ящер пытается схватить кайдзю, но тот улетает в сторону Лас-Вегаса.
В Неваде находится еще один кокон, из которого вылупляется нелетающая кайдзю-самка. Военные предполагают, что кайдзю должны встретиться в районе Сан-Франциско и что Годзила тоже направляется туда. Монстров планируют уничтожить ядерной боеголовкой. Кайдзю-самец похищает поезд, на котором везут боеголовки. В городе объявлена эвакуация.
Годзилла сражается с двумя кайдзю, а военные пытаются вывезти боеголовку в океан, где она взрывается.
Годзилла побеждает монстров и падает без сил. Наутро он поднимается и уходил в океан. Жители Сан-Франциско благодарны ему за спасение.
