Действие третьей части начинается в Вашингтоне. Эйприл снова ждет ребенка, а Фин Шепард получает высшую награду от президента США Маркуса Роббинса. При этом метеослужба сообщает о приближении шторма и худшие опасения главного героя подтверждаются. Его ждет новая встреча с акулами.
Хищники нападают на администрацию президента и Фин отбивается от них вместе с Маркусом. Белый дом и другие достопримечательности города были разрушены, но атаку удается отразить.
Обеспечив Вашингтону безопасность, Фин спешит к Эйприл, которая с матерью Мэй и Клаудией отдыхает в парке Universal в городе Орландо. В пути центральный персонаж замечает очередной шаркнадо, но на выручку пришла Нова. Вместе с напарником Лукасом Стивенсом, она продолжает уничтожать ненавистных акул.
Нова соглашается подвезти старого друга на специально оборудованном автобусе до Орландо. Проблема в том, что мост через реку разрушен, поэтому пришлось отправиться на военную базу, которой командует генерал Готтлиб, знакомый центрального персонажа.
Готтлиб предоставляет группе старый реактивный самолет. В этот момент базу атакует Шаркнадо. Лукас отказался лететь с остальными и пытается вернуться к автобусу, но получает серьезные ранения. Ему приходиться подорвать себя вместе с транспортом.
Вскоре напарники добираются до трассы, где проходят гонки НАСКАР. Чтобы спасти зрителей, Фин предлагает сбросить в торнадо запасной бак с горючим. План сработал, но они терпят крушение. Несмотря на это, места назначения достигнуть удалось.
Тем временем, Эйприл потеряла Клаудию. Акулы уже заполонили парк, потому им приходиться дать бой.
Семья воссоединяется. Нова сообщает, что незадолго до гибели Лукас смоделировал ситуацию. Если два шторма объединятся, то они уничтожат все восточное побережье. Обычные бомбы в этот раз не помогут, нужно создать как можно больше тепла, чтобы уровнять давление, но для этого нужна помощь НАСА.
Фину приходиться обратиться за помощью к своему отцу, Гилберту Грейсону Шепарду, который как раз является полковником НАСА. Он помогает предоставить доступ к космическому шаттлу.
Главный герой решает лететь вместе с отцом. Эйприл навязывается с ними. Троице удалось взлететь в космос, где полковник предлагает использовать «Стратегическую оборонную инициативу». Но для этого Гилберту пришлось выбраться в открытый космос, чтобы активировать со спутника мощный лазер.
План сработал. Лазер создал достаточно тепла, чтобы погасить смерчи. К сожалению, в шаттле топлива хватит только для того, чтобы вернуться домой, но не подобрать Гилберта. Он это знал, однако был готов пожертвовать собой.
Неожиданно в шаттл врезаются зубастые монстры, а у Эйприл начинают отходить воды. Женщину проглотила акула. Фину пришлось разрезать одного из хищников и в его желудке вернуться на Землю, а его жена не только смогла выбраться наружу, но еще и родить ребенка, которого назвали в честь Гилберта.
