Главная героиня фильма «Мой любимый чемпион» – 13-летняя школьница Александра Самарина. Два года назад ее отец погиб во время пожара на конюшне. Он спасал лошадей и не успел выбраться из здания, когда оно рухнуло. Все это произошло на глазах девочки. Мария, мама Саши не могла справиться с изменившимся после трагедии характером дочери. Девочка стала замкнутой и грубой. У нее начались проблемы в школе, в частности у учителя химии.
В город, где жила Саша с мамой, привезли Джонатана – коня отца девочки. Человек, который о нем заботился больше не мог этого делать и героиня с радостью взяла эту обязанность на себя. Ни для кого не открытие, что содержание коня – очень дорогое занятие. Мария решила продать животное. Это еще сильнее ударило по ее отношениям с дочерью. В это же время из больницы выписывается бабушка Александры, у которой были проблемы с сердцем. Бабушка во всем поддерживает свою внучку, понимая какое горе она пережила.
Алексей, новый ухажер Марии, предложил купить Джонатана одному своему знакомому, который явно не любил животных и относился к ним как к инвестициям. Несмотря на это Маша согласилась на сделку. Александра приехала на конюшню и выпустила лошадей из загона. Животные устроили настоящий переполох на автомобильной дороге и это даже попало в новости.
Мама вызволила Сашу из полицейского участка. Они договорились, что Александра попробует заработать на содержание коня, одержав победу на соревнованиях, но если у нее ничего не выйдет или она останется в школе на второй год, то Джонатана все-таки продадут.
В конноспортивном клубе, где жил Джонатан, Саша столкнулась с Лизой – наглой и задиристой дочкой хозяина конюшни, которая была команде спортсменов. Однако другой член команды, Кирилл, начал поддерживать Александру и помогать в тренировках. Позже ее упорные старания заметил старший тренер Ирина Владимировна и взяла девочку в команду. Однако Ирина Владимировна хотела, чтобы Саша выступала на другой лошади. У Джонатана из-за пожара явно были проблемы.
Благодаря Сашиной бабушке Ирина Владимировна согласился позволить девочке тренироваться сразу на двух лошадях. Однако из-за махинаций хозяина конюшни, который обиделся, что Александра обошла его дочь на отборочных соревнованиях, героиня отправилась на этап мирового первенства не на своем коне. Во время выступления она упала вместе с лошадью и была дисквалифицирована.
Лиза, к которой Саша несмотря ни на что отнеслась по-доброму, решила ей помочь. До этого она подслушала, как ее отец подговорил ветврача КСК не пускать Джонатана на соревнования. Лиза все рассказала Саше и Кириллу и ребята устроили так, что на второй этап Александра вышла уже вместе с Джонатаном. Сумев настроить особую связь с конем, героиня не только показала достойный результат, но и обошла главного фаворита из Литвы.
Отец Лизы требовал дисквалифицировать Самарину, но когда его махинации вскрылись, Ирина Владимировна решила уволиться и забрать вместе с собой всю команду. Во время награждения бабушке Александры стало плохо и героиня кинулась к ней на трибуну, не успев взять кубок победителя. Спустя месяц стало известно, что бабушка выжила и даже собиралась прыгнуть с парашютом.
