Итан Хант ушел на покой. Он устал от оперативных заданий и предпочел заниматься обучением молодых агентов. Кроме того, они с Джулией решили пожениться, о чем и сообщают на вечеринке своим друзьям и родственникам. Но в разгар мероприятия раздается звонок.
Его протеже, лучшая из учениц, Линдси Фэррис провалила задание и попала в плен к Оуэну Девиану, торговцу оружием на черном рынке. Итану предлагают возглавить операцию по ее спасению в Берлине. Поддержку ему будут оказывать старый друг Лютер Стикелл и два новых сотрудника Зэн и Деклан.
Линдси удается вырвать из рук преступников, но похитители вживили ей в голову капсулу со взрывчаткой и девушка погибает. Директор управления Брассен обвиняет Джона Масгрейва, руководившего операцией, и Ханта в некомпетентности. Чтобы исправить ситуацию, Итан с командой решают тайно попасть в Ватикан и арестовать Девиана.
Им удается сделать это, но по возвращении в Штаты наемники торговца оружием отбивают своего хозяина. Кроме того, они берут в плен Джулию и в обмен на ее освобождение требуют, чтобы Хант выкрал в Китае биологическое оружие под кодовым названием «кроличья лапка».
К этому моменту Стикеллу удается расшифровать оставленное Фэррис предсмертное послание. Она выяснила, что в организации завелся крот и, вероятнее всего, это сам Брассен.
Команда похищает из шанхайского небоскреба контейнер с оружием, но при его передаче Итана берут в плен. Выясняется, что предатель вовсе не директор, а Масгрейв. Лишь многолетний опыт и подготовка помогают Ханту уничтожить преступников и спасти Джулию. Ему приходится во всем ей признаться и рассказать о своем настоящем месте работы.
В конце Брассен пытается уговорить его не уходить в отставку, на что получает ответ: «Я пришлю вам открытку из путешествия!»
