С момента последнего шаркнадо прошло пять лет. Технологическая компания «Астро-X» под руководством Астона Рейнольдса использовала свою инновационную энергосистему безвредных реакторов, получивших название астроподы, чтобы стабилизировать атмосферу и предотвратить появление любых торнадо. Однако человечество все еще находится в опасности, ведь ураганы научились обретать свойства поглощаемых объектов.
Сам же Фин Шепард живёт в Канзасе на ферме с сыном Гилом и матерью Рэйи. Вскоре он решает вместе со своей кузиной Джемини посетить «Мир акул», гостиницу-казино в Лас-Вегасе, принадлежащее Астону. Там он рассчитывает встретиться с Мэттом. В прошлой части выяснилось, что он служит в армии, а в данный момент получил военный отпуск.
Вскоре главный герой замечает песчаную бурю. Джемини уверена, что «Астро-X» сможет избавиться от угрозы. Но проблема в том, что их система безопасности рассчитана только на водяные смерчи. Так что городу грозит опасность. Тем временем, Мэтт должен был приземлиться на крышу гостиницы вместе со своей женой Габриэль, но был сдут ветром. А затем на посетителей и вовсе нападают акулы.
Фину удается спасти Габриэль,а затем воссоединиться с Джемини и Мэттом. Теперь все четверо спешат вернуться в Канзас на поезде, однако их снова настигает песчаная буря. Также она разрушает плотину Гувера, но Рейнольдс с помощью ракет уничтожает часть Большого Каньона и останавливает потоп.
Тем временем выясняется, что Эйприл числилась погибшей последние пять лет. Но ее отец, учёный Уилфорд, смог оживить дочь, превратив в могучего киборга. Все это время женщина считала, что ее семья погибла. Полковник Гилберт Шепард смог выжить. Рейнольдс его спас, а затем пристроил на работу в свою компанию.
Астон вызывает главных героев к себе. На фоне последних неудач, бизнесмену срочно нужно спасать положение, а потому просит Фина выступить перед общественностью с успокоительной речью, но получает отказ.
Группа продолжает путь на автомобиле. Добравшись до Техаса, центральные персонажи закупаются бензопилами. Очередной смерч поглотил горящую нефть, тем самым превратившись в огненный шторм.
Эйприл узнает, что отец лгал все это время насчет семьи, а потому она спешит вернуться к близким. Вскоре ей удается спасти от урагана Гилберта и Клаудию. Группа добирается до Канзаса, где им предоставляет в качестве транспорта средства «Кристину» сам Колтон, главный герой «Лавалантулы».
Группе удается добраться до фермы, где они готовятся обороняться от хищников. К счастью, Нова оставила им достаточно оружия для этого. Габриэль погибает. Тем временем, Рейнольдс научился бороться с новыми торнадо.
Эйприл добирается до фермы, где вытаскивает из-под обломков семью. В это же время очередной смерч разрушил атомную станцию и поглотил радиацию. При поддержке Рейнольдса, Шепарды смогли его остановить. Только это еще не конец.
