Мэттью родился 11 октября 1977 года в городке Спринг, штат Техас. Родители Мэтта Сисси и Джон Бомеры помимо мальчика также воспитывали двух его братьев. В детстве Мэттью учился в школе родного города Klein High, куда ходил также будущий актер Ли Пейс. Оба они позднее вошли в труппу хьюстонского театра Alley. После окончания школы Бомер переехал в Пенсильванию, где поступил в Университет Карнеги – Меллон, расположенный в Питтсбурге.
В 2001 году молодой человек окончил обучение со степенью бакалавра в области искусств. Сдав выпускные экзамены, Мэттью подумал о переезде в Нью-Йорк. Там начинающему актеру была предложена небольшая роль в американской мыльной опере Агнес Никсон «Все мои дети», которая впервые вышла на экраны в далеких семидесятых. После этого молодой человек плавно перебрался на съемочную площадку другого еще более древнего телесериала Ирмы Филлипс «Направляющий свет». Работа в основном составе этого проекта продолжалась более двух лет. В 2003 году Бомер приступил к съемкам в одном из эпизодов романтического телесериала Шеннона Доэрти «Северный берег», повествующего о страстях и интригах на Гавайском побережье.
2005 год стал для актера небольшим профессиональным прорывом. Он прошел кастинг на роль Эрика в полнометражном драматическом триллере Роберта Швентке «Иллюзия полета», снятом по мотивам картины Альфреда Хичкока «Леди исчезает». Главные роли в ленте исполнили Джоди Фостер, Питер Сарсгаард и Шон Бин. Уже через год Мэттью появился во втором полнометражном проекте. На этот раз актер был выбран на главную мужскую роль в слэшере Джонатана Либесмана «Техасская резня бензопилой: начало». Несмотря на то, что продюссером картины выступил Майкл Бэй, фильм получил очень плохие отзывы со стороны зрителей и кинокритиков, а также был удостоен номинации на премию «Золотая малина» в категории «Худший приквел». В 2007 году Бомер принял участие в создании мини-сериала «Пропавший», где играл вместе с Аароном Стэнфордом. Лента приобрела ряд горячих поклонников, которые даже пытались спасти проект от преждевременного закрытия, но эта затея провалилась.
Вскоре Мэттью вернулся на телеэкраны в образе второстепенного персонажа, агента ЦРУ Брайса Ларкина, в приключенческом комедийном сериале Джоша Шварца «Чак». Но настоящий успех ждал Бомера в 2009 году. Он пришел вместе с работой над главной ролью в детективном телесериале Джеффа Истена о специальном отделе ФБР, именуемом «белые воротнички». Героем Мэттью стал вор, мошенник и аферист Нил Кэффри, который, в обмен на смягчение условий наказания, приступил к работе на отдел «белых воротничков». В итоге сериал настолько понравился зрителям, что в 2010 году был номинирован на премию «Выбор народа» в категории «Любимое ТВ пристрастие», а также «Любимая драма по кабельному телевидению».
В 2011 году Бомер появился в образе богача Генри Гамильтона в полнометражном фантастическом триллере Эндрю Никкола «Время» с Джастином Тимберлейком. 2012 год принес актеру роль в мелодраме Стивена Содерберга «Супер Майк», а в 2013 году он приступил к озвучиванию персонажа Супермена в анимационном проекте Джеймса Такера «Супермен: Свободный».
