При рождении Скут был назван Джоном. Однако отец называл его Scooter, и за ним «закрепилось» имя Скут. В детстве он много времени проводил на ранчо родителей.
До начала своей актерской карьеры Скут мечтал снимать и фотографировать жизнь диких животных. Для этого в возрасте 20 лет молодой человек переехал в Остин, поступив в школу кинематографии. Проучившись в ней один год, Скут бросил учебу и занялся кинопроизводством - строительством съемочных площадок, столярным делом. Через какое-то время он нашел постоянную работу, снявшись более чем в 200 рекламных роликов.
Свою актерскую карьеру Скут начал с 2000 года, появляясь в эпизодических ролях многосерийных фильмов. Ему досталось амплуа оригинальных личностей-индивидуалистов с мятежной натурой. С 2005 года стали попадаться мелкие роли в полнометражных картинах «Реклама для гения», «Сумасшедшие гонки» и других.
В 2007 году Скут МакНэйри впервые спродюсировал фильм «Полночный поцелуй». В этой же картине состоялся дебют Скута в качестве актера, исполняющего главную роль. Критики считают, что фильм стал поворотным моментом в актерской карьере Скута.
В 2010 году актер сыграл еще одну главную роль в фильме-фаворите Каннского фестиваля «Монстры» Гарета Эдвардса. На съемочной площадке этого фильма Скут познакомился со своей будущей женой - актрисой Уитни Эйбл.
В 2011 году Скут МакНэйри исполнил роль Фрэнки в детективном фильме Эндрю Доминика «Ограбление в казино». Фильм основан на сюжете романа Джорджа Хиггинса. Через год Скут принял участие в съемках ленты «Операция Арго» Бена Аффлека. Ради финального монолога в ней актер выучил фарси.
Последние кинопроекты, в которых Скут принимает участие, - «12 лет рабства» (2013), «Ровер» (2013), «Воздушный маршал» (2013), «Черное море» (2014), триллер «Исчезнувшая» (2014).
На данный момент актер снимается в новом фильме о супергероях «Бэтмен против Супермэна: На заре справедливости», который появится на экранах лишь в 2016 году.
